Sebelum zaman kerajaan, sebelum zaman gerabah dan tulisan, sebelum zaman logam dan senjata -- keju telah ditemukan. Sejak awal 8000 SM, petani Neolitik paling pertama yang tinggal di fertile crescent (wilayah Bulan Sabit Subur yang juga dikenal sebagai Mesopotamia) mewariskan pembuatan keju yang sama tuanya dengan peradaban itu sendiri.
Berkembangnya pertanian melahirkan kambing dan domba jinak, yang diambil susunya oleh para petani purba. Namun ketika dibiarkan pada kondisi hangat selama beberapa jam, susu segar itu mulai asam. Asam laktatnya menyebabkan protein terkoagulasi (mengendap) menjadi gumpalan lembut. Setelah menemukan perubahan yang aneh ini, para petani menguras sisa cairannya - yang kemudian disebut whey - dan mendapati gumpalan kekuningan ini dapat dimakan sebagai olesan makanan. Gumpalan ini menjadi bahan dasar keju, yang akan disimpan lama, ditekan-tekan, dimasak, dan diturunkan menjadi beragam produk olahan susu.
Penemuan keju membuat orang-orang Neolitik bertahan hidup dengan baik. Susu kaya akan protein penting, lemak, dan mineral. Namun susu juga mengandung laktosa dalam jumlah tinggi - yaitu gula yang sulit dicerna perut manusia purba dan manusia sekarang. Tapi, keju dapat memberikan semua kebaikan susu dengan lebih sedikit laktosa. Dan karena keju dapat diawetkan dan dijadikan makanan cadangan, nutrisi penting ini dapat dimakan sepanjang musim paceklik dan musim dingin yang panjang.
Beberapa pecahan gerabah milenium ke-7 SM yang ditemukan di Turki masih terdapat tanda sisa keju dan mentega di dalamnya. Di akhir Zaman Perunggu, keju merupakan komoditas standar dalam perdagangan maritim di sepanjang Mediterania timur. Di ibu kota Mesopotamia yang padat penduduk ini, keju menjadi bahan pokok dalam kuliner dan upacara keagamaan. Beberapa karya tulisan paling awal mencatat soal kuota keju, yang menampilkan beragam jenis keju untuk ritual dan populasi yang berbeda di seluruh Mesopotamia.
Catatan dari peradaban di sekitar Turki juga menyebutkan soal rennet. Produk sampingan dari hewan yang dibuat di dalam perut mamalia tertentu ini, dapat mempercepat dan mengendalikan koagulasi (penggumpalan partikel koloid dan membentuk endapan). Akhirnya alat pembuatan keju modern ini menyebar ke seluruh dunia, menghasilkan beragam jenis keju baru yang lebih keras. Dan meski budaya makanan lama menolak kelezatan produk susu, semakin banyak yang menyukai keju dan menambah cita rasa lokal mereka sendiri.
Bangsa Mongol nomaden menjemur susu yak untuk membuat Byaslag (keju) yang keras. Bangsa Mesir menyantap keju susu kambing, menyaring whey-nya dengan tikar buluh. Di Asia Selatan, susu dikoagulasikan dengan beragam asam dari makanan, seperti jus lemon, cuka, atau yoghurt dan digantung hingga kering menjadi paneer. Keju lembut ini dapat ditambahkan pada kari dan saus, atau digoreng sebagai makanan vegetarian yang mudah dibuat.
Bangsa Yunani membuat keju feta asin yang berbentuk bata, beserta jenis yang lebih keras yang mirip keju pecorino saat ini. Keju parut ini dibuat di Sisilia dan digunakan pada masakan di seluruh Mediterania. Di bawah kekuasaan bangsa Romawi, "keju kering" atau "caseus aridus", menjadi ransum penting untuk hampir 500.000 prajurit penjaga perbatasan Kerajaan Romawi yang luas. Dan ketika Kerajaan Romawi Barat runtuh, pembuatan keju terus berkembang di puri-puri yang menghiasi pedesaan Eropa abad pertengahan.
Di biara-biara Benediktin yang tersebar di seluruh Eropa, pendeta-pendeta era pertengahan terus bereksperimen dengan beragam jenis susu, praktik pembuatan keju, dan proses penyimpanan yang menghasilkan keju-keju populer saat ini. Parmesan, Roquefort, Munster, dan beberapa jenis keju Swiss semuanya diolah dan disempurnakan oleh para pendeta pembuat keju ini.
Di Alpen, pembuatan keju Swiss sangat sukses - memproduksi banyak sekali keju dari susu sapi. Di akhir abad ke-14, keju Alpen dari wilayah Gruyere Swiss menjadi sangat menguntungkan sampai-sampai negara tetangga menginvasi dataran tinggi Gruyere untuk mengambil alih pertumbuhan perdagangan keju.
