Seperti yang dinyatakan oleh matematikawan dan anggota akademi tersebut, Serge Lang dari Universitas Yale di New Haven, Connecticut, langkah Huntington tersebut memberikan "ilusi sains tanpa substansinya."
Akan tetapi, pertengkaran itu mereda, menyusul redanya kontroversi atas esai Huntington. Berspekulasi tentang konflik yang akan datang di era pasca-perang dingin, Huntington  berpendapat bahwa orang-orang harus diklasifikasikan sebagai anggota-anggota budaya yang berbeda, dan menegaskan bahwa perang bisa lebih dipahami sebagai konflik di antara peradaban-peradaban ini, bukan antar negara-negara.
Bagi banyak orang, termasuk pembuat kebijakan senior di Eropa dan Amerika Serikat, Huntington mengatakan dengan lantang apa yang sudah mulai mereka yakini secara pribadi: bahwa untuk bertahan dan terus makmur, negara-negara Barat perlu menganggap negara-negara tertentu sebagai musuh.
Namun, bagi orang lain, Huntington hanya memberikan penghormatan akademis pada pandangan ultra-nasionalis dan ekstremis agama.
Ekonom pemenang Hadiah Nobel, Amartya Sen dari Universitas Harvard, berbicara banyak ketika dia berpendapat bahwa mengklasifikasikan manusia dengan menggunakan satu metrik tunggal, agama atau peradaban, bukan hanya salah secara faktual, tetapi juga merupakan prediktor konflik masa depan yang belum teruji.
Lagipula, dengan melihat data historis, Malcolm Chalmers dari Royal United Services Institute (Institut Layanan Terpadu Kerajaan), sebuah think-tank pertahanan yang berbasis di London, telah menemukan bahwa proporsi orang yang tewas dalam perang dan konflik sebenarnya telah menurun sejak akhir Perang Dunia Kedua.
Dengan menelaah catatan arkeologis dari konflik-konflik yang bahkan lebih lama, ekonom Samuel Bowles dari Institut Santa Fe di New Mexico menunjukkan bahwa semangat kebersamaan dan kemurahan hati orang-orang saat ini mungkin terjadi sebagian karena sejarah permusuhan yang lebih berdarah-darah terhadap orang-orang asing.
Di tempat lain, antropolog Arjun Appadurai dari New School di New York mengatakan bahwa ketegangan dan konflik saat ini tidak banyak dicirikan oleh "perselisihan peradaban," melainkan oleh kelompok yang lebih besar yang merasa terancam oleh kelompok yang lebih kecil.
Di King's College London, Christoph Meyer dan rekan-rekannya di Departemen Kajian Perang baru saja memulai proyek 3 tahun yang akan menggunakan gagasan ini untuk mencari cara yang bisa memberikan peringatan lanjutan bahwa permusuhan atau antipati akan mendidih menjadi kekerasan.
Tetap saja, gagasan perselisihan peradaban Huntington bertahan terus, karena hanya sedikit pengkritik yang bisa menandingi kesederhanaan dan cakupan konsep asli itu.
Para ilmuwan saat ini sering bekerja di bidang yang sangat terspesialisasi, dan cenderung enggan untuk mengusulkan teori-teori yang berlebihan. Namun, para pembuat kebijakan cenderung lebih menanggapi para ilmuwan yang tampaknya memberikan gambaran yang lebih besar, dan mampu memberikan sintesis yang dikomunikasikan dengan jelas.
