Pada 16 November 2021, Elkan Baggott memenuhi panggilan Shin Tae-Yong dan melakukan debutnya di timnas senior dalam sebuah laga persahabatan melawan Afganistan. Elkan Baggott bermain selama 68 menit, dan kemudian digantikan pemain naturalisasi eks Nigeria, Victor Igbonefo lantaran Elkan mengalami benturan yang menyebabkan kepalanya gegar otak, dan pemulihan tak bermain total sepak bola selama 14 hari.
Elkan Baggott melakukan debut kompetitifnya di senior timnas Indonesia pada 12 Desember 2021, ketika Indonesia berhadapan dengan Laos di Piala Suzuki AFF di Singapura. Indonesia menang 5-1. Elkan Baggott mencetak gol pertamanya bagi timnas atas Malaysia 4-1 pada 19 Desember 2021. Justru melalui gol sundulan kepalanya...
Baggott kembali mewakili timnas senior untuk kualifikasi Piala Asia AFC 2023, kompetisi putaran ketiga di Kuwait 8-14 Juni 2023. Baggott bermain di semua tiga pertandingan di Kuwait melawan Kuwait, Yordania dan Nepal. Baggott bahkan mengamankan kelolosn Indonesia sehingga lolos kualifikasi Piala Asia yang berlangsung pada Januari 2024.
Baggott masuk dalam squad sementara Indonesia untuk Kejuaraan AFF 2022 tetapi memilih untuk tetap bersama Gillingham (klub Inggris) selama periode sibuk Desember 2023-Januari 2024.
Baggott sekali lagi dipanggil masuk timnas Indonesia untuk dua pertandingan persahabatan melawan Burundi pada 25 dan 28 Maret 2023. Juga pada 27 Mei 2023 dipanggil kembali ke timnas untuk pertandingan persahabatan melawan Palestina dan Argentina.
Pada 29 Agustus 2023, Elkan Baggott lagi-lagi dipanggil masuk tim Indonesia U-23 untuk Kualifikasi Piala Asia AFC U-23 2024. Kembali, Elkan Baggott mencetak satu gol ketika Indonesia membabat China Taipei 9-0. Baggott tampil dua kali di fase penyisihan grup, saat Indonesia lolos sebagai salah satu dari empat tim peringkat ketiga terbaik.
Elkan Baggott main dalam 90 menit penuh, saat Indonesia dikalahkan Australia 4-0 dengan salah satu gol pembuka, gol bunuh diri terjadi dari kaki Elkan Baggott saat pertandingan baru berjalan dua menit. Dan meski ikut meloloskan Indonesia ke Piala AFC 2023, namun di kejuaraan tersebut di Qatar bulan  Januari, Elkan Baggott justru tak dipanggil.
Dan ketiga Indonesia gagal lolos ke final Piala AFC 2023 di Qatar Januari 2024 itu, serta kalah lawan Uzbekistan di semifinal, maka Indonesia pun menjalani pertandingan play off Concacaf-Conmebol di Clairefontaine, Perancis lawan Guinea 9 Mei 2024 yang berakhir 0-1, setelah dari pasukan Shin Tae-Yong bermain di Qatar.
Saat Indonesia membutuhkan pemain belakang, lantaran Rizky Ridho kena kartu merah di Qatar dan tak bisa bermain di Clairefontaine Perancis, maka Shin Tae-Yong pun memanggil Elkan Baggott lagi. Elkan sedang berada di Inggris, di Ipswich Town.
Ternyata sampai saat terakhir, Elkan Baggott tak muncul di Perancis. Dan panggilan Shin Tae-Yong serta PSSI tak direspon. Malah kemudian menjadi perbincangan, lantaran Elkan Baggott membuat status instagramnya tengah berlibur di Amerika.
Maka, terjadilah saga yang kemudian berkecamuk. Apalagi, ternyata Elkan Baggott tak lagi dipanggil oleh Shin Tae-Yong untuk bermain di pertandingan lanjutan Kualifikasi Piala Dunia 2026 yang dilangsungkan di Jakarta, baik melawan Irak di Stadion Utama Senayan (6 Juni 2024) maupun lawan Filipina di Gelora Bung Karno pula pada (11 Juni 2024) berikut.
