Setelah Orde Baru runtuh, berpuluh tahun setelah Kopkamtib dibubarkan, maka dengan mudah konflik antaragama meledak.
Kondisi ini membuat banyak orang dengan mudah merindukan stabilitas keamanan ala Orde Baru.Â
Tapi mereka tak sadar bahwa toleransi tinggalan Orde Baru itu semu toleransi yang dilaksanakan bukan dari keinginan dan kesadaran paling dalam. Tetapi toleransi ada karena kemauan pemerintah.
Buya tidak hanya bicara, tapi juga bertindak nyata, Untuk menguatkan pemikiran-pemikiran pluralisme, toleransi, kebangsaan, keislaman, sosial,dan kemanusiaan, maka didirikan lembaga Ma'arif Institute.
Kini Buya Syafii Ma'arif telah paripurna menjalankan tugasnya di dunia, semoga semangat dan keteladanannya tetap hidup di kalangan generasi penerusnya untuk tetap meyakini keimanan dan agamanya, tapi nilai toleransi, pluralisme, dan kemanusiaan tetap mendapat porsi yang tepat.
Selamat jalan salah satu putra terbaik sekaligus bapak bangsa. Semoga Allah memberikan tempat dan akhir yang indah untukmu di sisiNya.Â
Innalillahi wainnailaihi roji'uun...Â
