Fase kedua dimulai dengan kejadian kematian sang rusa. Ia mencari pemicu kematian induknya, ia bedah tubuh induknya guna mencari kematian induknya sampai dia menarik kesimpulan bahwa yang menggerakkan tubuh induknya merupakan sesuatu yang bersemayam didalam jantung. Bila sesuatu yang bersemayam di dalam jantung keluar, hingga induknya akan mati dan tubuhnya tidak bergerak kembali.
Â
Fase ke tiga terjadi ketika Hayy menemukan api, dari cara memperoleh hingga cara memakainya. Dari penemuan tentang api, dia mulai mengenali eksitensi Ruh hayawani yang bersemayam di tubuh.
Â
Fase keempat Hayy mulai mempelajari benda benda yang terdapat di alam kaun (penciptaan), serta alam jasad (benda) ia mulai memahami perbandingan antara tanggal dan majemuk benda serta ruh (jiwa).
Â
Fase ke lima Hayy sewaktu-waktu ia mengamati benda benda yang terdapat di bumi, Hayy mengubah objek penelitiannya ke planet planet bintang. Menurutnya planet planet bintang adalah benda yang terhingga. Dari pengamatannya terhadap planet planet bintang Hayy mulai mempertanyakan apakah alam ini Qadim (lama) atau hadis (baru).
Â
Fase ke enam Hayy pada usia ke 35 tahun dia sudah menggapai kematangan berpikir. Menurutnya ruh terpisah dari jasad atau badan. Ruh berbeda dengan jasad, tidak terdapat kaitan antara ruh dengan benda yang menjadi tempat bersemayam. Ruh berhubungan langsung dengan Al-Wajibul Wujud (yang harus ada/ Allah).
Â
Fase ketujuh pada saat usia 50 tahun Hayy bertemu dengan manusia yang bernama Isal pada saat itu ia bertemu dengan Isal di pulau Wak-Wak saat ia berada di dalam gua hendak keluar mencari makanan. Isal mengajari Hayy berbahasa manusia membaca serta menulis Hayy sangat ingin berjumpa dengan manusia Hayy yakin bahwa ia bisa menuntun mereka untuk memperoleh pengetahuan yang benar keberuntungan dan kesuksesan. Namun sering kali harapan tidak sesuai dengan kenyataan yang ada.
