Uniknya, berbeda dengan BRT lain, sistem jalur lintasan pada Trans Jogja ternyata terdapat dua macam. Pertama adalah sistem lintasan loop (memutar) dan kedua menggunakan siste lintasan end to end (ujung ke ujung). Kedua sistem ini akan berpengaruh jika penumpang akan naik bus untuk tujuan berlawanan dari arah permulaan.
Pada sistem loop, lintasan bus akan berputar searah atau berlawanan dengan arah jarum jam. Bus-bus tidak akan kembali ke jalan yang sama dengan arah yang berlawanan. Semisal, saat ia melewati Jalan A, maka bus tersebut akan berjalan dari barat ke timur. Bus tidak akan pernah berjalan dari timur ke barat.
Rute Trans Jogja permulaan sebagian besar menggunakan sistem loop ini. rute-rute tersebut biasanya menggunakan kode A dan kode B untuk membedakan mana yang berjalan searah jarum jam dan mana yang berlawanan arah jarum jam.
Ada 12 rute Trans Jogja yang berjalan dengan sistem loop. Rute-rute tersebut adalah 1A, 1B, 2A, 2B, 3A, 3B, 4A, 4B, 5A, 5B, 6A, dan 6B. Untuk rute 1A dan 2A kini sudah diambil alih oleh Teman Bus Jogja.
Sebagai panduan mudah, jika kita naik bus Trans Jogja/Teman Bus Jogja dengan sistem loop, maka kita tinggal naik bus dengan kode huruf berbeda jika ingin kembali ke tempat asal. Semisal, kita ingin naik bus dari Terminal Ngabean ke daerah Kotagede, maka kita bisa naik rute 3A dan turun di Halte Tegalgendu.
Sebaliknya, jika kita ingin kembali ke Terminal Ngabean dari Halte Tegalgendu, maka kita bisa menyeberang jalan dan naik bus rute 3B untuk kembali ke Ngabean.
Jadi, jika kita berangkat menggunakan bus dengan kode A, maka saat kembali pulang kita bisa menggunakan kode B dari halte seberangnya. Apabila berangkat menggunakan kode B, maka jika ingin kembali maka kita bisa naik bus dengan kode A.
Apesnya, tidak semua rute yang menggunakan sistem loop saling bertemu pada jalan yang sama. Alasannya adalah karena jalanan di Jogja cukup banyak yang searah. Tentu, bus dengan arah sebaliknya tidak bisa melewati jalan searah tersebut.
Contoh mudahnya adalah Jalan Malioboro. Jalan ini merupakan jalan searah. Kendaraan hanya bisa lewat dari utara ke selatan dan tidak bisa berjalan arah sebaliknya. Bus Trans Jogja pun juga hanya bisa berjalan dari utara ke selatan. Padahal, di jalan ikonik ini ada 3 halte Trans Joga dan Teman Bus Jogja.
Di sana, ada beberapa rute yang menggunakan sistem loop, yakni 1A, 2A, 3A, 6A, dan 6B. Alhasil, sistem loop tidak sesederhana dipahami bagi penumpang awam yang menuju Malioboro dan ingin kembali ke tempat semula.
