Pengelola pertama PPs. STAHN Denpasar adalah Prof. Dr. Dewa Komang Tantra, M.Sc (sebagai Ketua PPs. STAHN Denpasar) dan Drs. Made Redana, M.Si (sebagai Sekretaris PPs. STAHN Denpasar), dan keduanya sekaligus merangkap sebagai Ketua dan Sekretaris Program Studi Brahmawidya (Teologi Hindu). Pengelola PPs untuk masa awal menemui banyak kendala, terutama menyangkut  dana operasional dan SDM mengingat pembukaan PPs pertama kalinya hanya dengan izin Dirjen Bimas Hindu dan Buddha Departemen Agama RI.
Beragam tantangan dan hambatan dihadapi dalam pengelolaan PPs, stakeholder bertekad untuk mewujudkan visi, sebagai kristalisasi komitmen dan tanggungjawab terhadap peningkatan kualitas akademik dan profesional pegawai dan dosen, sesuai tuntutan globalisasi. Sejalan dengan visi tersebut, maka misi yang diemban adalah menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas, sehingga menghasilkan lulusan yang bermutu tinggi yaitu berilmu, berwawasan luas, menguasai teknologi, memiliki sraddha dan bhakti yang kokoh melalui sistem pendidikan PPs. yang efektif dan efisien. Kepemimpinan Dr. I Made Titib tidak lama, karena pada tanggal 25 Februari 2002 diangkat sebagai Direktur Urusan Agama Hindu, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu dan Buddha, Departemen Agama RI di Jakarta dan sebagai penggantinya dipilih Drs. I Gede Rudia Adiputra yang dilantik tanggal 8 Maret 2002.
Pada masa kepemimpinan Drs. I Gede Rudia Adiputra dilakukan penataan bidang akademik diantaranya persiapan borang untuk akreditasi yang diawali dari Jurusan Pendidikan Agama dan pembukaan Jurusan Pendidikan Bahasa dan Sastra Agama. Akreditasi pada Jurusan Pendidikan Agama memperoleh nilai B. Pengembangan bidang fisik dilanjutkan pembangunan Gedung Bhisma (Aula) serta pembangunan Gedung Rektorat di Bangli, dengan pemancangan tiang beton pertama dilakukan tanggal 14 Agustus 2002. Selain Gedung Rektorat atas bantuan Gubernur Bali dibangun Gedung Perkuliahan berlantai tiga di Kampus Bangli.
Upaya peningkatan institusi terus dilakukan melalui pengajuan proposal yang mendapat dukungan dari semua perguruan tinggi negeri di Bali, serta dukungan Pemerintah Provinsi Bali dan Kabupaten Kota, maupun Majelis Umat (Parisada) termasuk DPRD Bali dan para anggota DPD RI pada waktu itu. Â Berdasarkan usul peningkatan STAHN Denpasar menjadi Institut, akhirnya pada tanggal 8 Nopember 2004 terbit Peraturan Presiden No.1 Tahun 2004 tentang perubahan STAHN Denpasar menjadi Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar (IHDN Denpasar), dan selanjutnya diresmikan pada tanggal 23 Maret 2005 di Bangli oleh Menteri Agama (H. Maftuh Basyuni). Rektor Pertama IHDN Denpasar untuk masa jabatan 2005-2009 adalah Drs. I Gede Rudia Adiputra, M.Ag., yang dilantik tanggal 7 Juli 2005.
Pada masa kepemimpinan Drs I Gede Rudia Adiputra.,M.Ag, sebagai Rektor IHDN Denpasar, dilanjutkan dengan proses akreditasi semua jurusan/program studi dengan terus melakukan penataan administrasi akademik. Pengembangan bidang fisik dilanjutkan dengan pembangunan Gedung PPs. di Jalan Kenyeri No. 57 Denpasar dan mulai persiapan pengembangan lahan untuk gedung di Jalan Kenyeri Gang Sekar Kemuda Denpasar. Dibangun pula Gedung Asrama Putri di areal Kampus Bangli dengan dana DIPA IHDN Denpasar. Gedung Asrama Putra  dibangun di bagian Timur Gedung Rektorat di Bangli dengan bantuan sepenuhnya dari Pemprov Bali.Â
Pada Kampus induk di Jalan Ratna Denpasar dilakukan purnapugar (pemugaran dan meninggikan serta memperluas areal) Parahyangan dan diberi nama Pura Ratna Saraswati, sekaligus dengan upacara peresmian (pemlaspasan). Pada masa jabatan Drs. I Gede Rudia Adiputra., M.Ag., dikukuhkan 4 orang Guru Besar masing-masing Prof. Dr. I Made Titib, Ph.D. (20 Juni 2007), Prof. Drs. I Ketut Subagiasta, M.Si., D.Phil., (19 Desember 2008), dan Prof. Dr. Drs. I Nengah Duija, M.Si. bersama Prof. Drs. I Ketut Widnya, MA, M.Phil., Ph.D. dikukuhkan pada tanggal 21 Agustus 2009 di Kampus Denpasar.  Pada tanggal yang sama dilaksanakan pelantikan Prof. Dr. I Made Titib, Ph.D. sebagai  Rektor  IHDN Denpasar untuk masa bhakti 2009-2013 oleh Menteri Agama Republik Indonesia di Kementerian Agama RI Jakarta.Â
Pergantian kepemimpinan ini memberikan nuansa baru bagi dinamika kampus, disertai penciptaan iklim akademik yang lebih progresif. Hal tersebut didukung dengan pengembangan program-program yang mengarah kepada peningkatan sumber daya manusia yang lebih berkualitas melalui peningkatan pendidikan ke luar negeri, pengembangan teknologi informasi yang mendukung proses pembelajaran, perbaikan sarana dan  prasarana pendidikan, dan membangun jaringan yang  lebih luas.Â
Dilakukan juga studi banding di dalam dan luar negeri seperti ke India dan Nepal (2010), perbaikan manajemen pendidikan dan kelembagaan yang transparan dan akuntabel dalam pengelolaaan perguruan tinggi. Setelah masa bhakti Prof. Dr. I Made Titib., Ph.D. berakhir, dilanjutkan oleh Prof. Dr. Drs. I Nengah Duija, M.Si. untuk masa bhakti 2013-2017 yang dilantik oleh Menteri Agama Republik Indonesia pada tanggal 16 September 2013. Pada masa jabatan tersebut  telah dikukuhkan tiga orang Guru Besar masing-masing Prof. Dr. Drs. I Made Suweta, M.Si., (13 Februari 2015), Prof. Dr. Drs. I Gusti Ngurah Sudiana, M.Si. (17 Maret 2015), dan Prof. Dr. Drs. I Wayan Suarjaya, M.Si. (27 Februari 2016).  Pada masa kepemimpinan Prof. Dr. Drs. I Nengah Duija, M.Si. kampus II IHDN Singaraja diresmikan oleh Menteri Agama RI (H. Lukman Hakim Saifudin) menjadi Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Mpu Kuturan Singaraja pada tanggal 22 Maret 2016.
Kepemimpinan IHDN Denpasar berganti dibawah Prof. Dr. Drs. I Gusti Ngurah Sudiana, M.Si. Pelantikan sendiri berlangsung di Jakarta tanggal 13 Oktober 2017. Â Menteri Agama saat melantik memberikan penekanan pada dua tantangan Perguruan Tinggi Keagamaan (PTK) di Indonesia. Pertama, arus globalisasi di ranah Perguruan Tinggi (PT). Sekarang, PT tidak hanya dituntut mampu berkompetisi di tingkat lokal dan nasional, tapi juga regional dan internasional. Menag meminta PTKN binaan Kementerian Agama harus mampu memainkan peran sebagai agen transformasi. Keberadaan PTKN harus berkontribusi penting terhadap pencapaian tujuan pembangunan manusia dan masyarakat Indonesia yang dicita-citakan.
Baca konten-konten menarik Kompasiana langsung dari smartphone kamu. Follow channel WhatsApp Kompasiana sekarang di sini: https://whatsapp.com/channel/0029VaYjYaL4Spk7WflFYJ2H