Munster, Kota Penuh Biara dan Sepeda

Munster pun terdampak konflik dengan dimulainya "Pemberontakan Munster" yang didalangi oleh John dari Leiden, penganut Anabaptisme (salah satu gerakan Protestan yang radikal) pada tahun 1534.

John dari Leiden berhasil mengambil alih Munster dari kaum Katolik, mengklaim semua bangunan dan tanah di dalamnya, membakar semua buku kecuali Injil dan mendeklarasikan Munster sebagai "Jerusalem Baru". 

Sayangnya, karena John mungkin agak sedikit 'gila' dengan menyuruh penduduk untuk telanjang sambil menanti kedatangan Yesus yang kedua, Munster berhasil direbut kembali ke tangan Romawi setahun kemudian. 

Penganut Anabaptisme, termasuk John, disiksa dan jenazahnya disimpan di keranjang besi. Keranjang besi tersebut masih ditemukan tergantung di langit-langit gereja St. Lambert.

Akhir dari konflik antara dua kubu yang berseteru ini adalah perjanjian Westphalia yang ditandatangi di Munster tahun 1648 untuk mengakhiri Perang 30 Tahun (Thirty Years' War). 

Perjanjian tersebut memberikan kebebasan kepada penganut Protestan untuk memeluk agamanya. Protestan kemudian menyebar di Eropa utara. Adapun Munster, seperti tertuang dalam perjanjian, tetap berpegang pada Katolik Roma dan kepemimpinan dikembalikan kepada Pangeran Keuskupan.

Selama kekuasan Romawi Suci, Munster mengalami berbagai kemajuan. Salah satunya adalah dibukanya Universitas Munster (kini disebut Universitas Wilhelm Westphalia/WWU) pada tahun 1780. 

Munster diambil alih pada tahun 1802 oleh kerajaan Prussia sebelum disusul oleh keruntuhan Romawi Suci pada tahun 1806. Antara 1802 sampai 1813, Munster sempat beberapa kali berpindah tangan dari Prussia ke Kekaisaran Berg ke Kekaisaran Prancis sampai kembali lagi ke Prussia.

Memasuki masa Perang Dunia 2 dan munculnya partai Nazi, uskup Munster, Kardinal Clemens August Graf von Galen melancarkan kritik kepada pemerintahan Hitler. 

The New York Times bahkan mencap Kardinal von Galen sebagai musuh Nazi paling keras kepala. Akibat dari kekeraskepalaannya, tentara Jerman mengambil alih Munster dan menjadikannya markas Distrik Militer 6. Saat itu, 28 divisi militer (mayoritas infantri) memiliki barak di Munster. Sekarang, 5 barak tersebut masih berdiri sebagai saksi sejarah.

Pusat kota yang luluh lantah setelah serangan udara tahun 1944.

Selama perang, Munster tercatat mendapat dua kali serangan. Serangan pertama pada 25 Oktober 1944 saat 34 pesawat B-24 Liberator milik Inggris menyerang kilang minyak yang terletak di Gelsenkirchen, dekat Munster.