Denninger dikirim ke Kalimantan pada 1848-1851, dan bertugas di stasiun Bintang (Kapuas), di stasiun Sihong (Siung dekat Telang).
Selama berada di Murutuwu, Denninger membuka sekolah dan banyak memberikan pendidikan baca tulis kepada anak-anak Dayak Ma'anyan.
Namun, akhirnya beliau meninggalkan Murutuwu melewati Telang untuk mengungsi ke Banjarmasin akibat meletusnya perang Hidayat.
Denninger bisa dikatakan sebagai peletak pendidikan modern pertama untuk orang Ma'anyan.
Sekolah kecil yang dibangunnya di Murutuwu berhasil membuat sebagian orang Ma'anyan menguasai baca tulis.
Visi dan Misi Pelayanan Ernst Ludwig Denninger
Setelah beberapa lama Denninger bermisi di Kalimantan. Akhirnya, badan penginjilan RMG memutasi Denninger ke pulau Nias.
Awalnya, Denninger bermaksud membentuk satu jemaat bagi orang-orang Nias di Padang, tetapi kemudian ia menyadari bahwa mereka hanya perantau yang sering berpindah-pindah, sehingga akhirnya Ia memutuskan untuk datang langsung ke pulau Nias.
Dengan mudah, ia mendapat persetujuan dari RMG dan Pemerintah Hindia Belanda karena sebelumnya sudah ada permintaan pemerintah kepada RMG, agar diutus pendeta penginjil ke pulau Nias, dan ia tiba di sana pada 27 September 1865.
Karya Pelayanan Ernst Ludwig Denninger
Untuk menarik perhatian orang banyak supaya mereka tertarik untuk belajar firman Tuhan dan nyanyian-nyanyian gereja, Denninger lebih dahulu membagikan tembakau untuk rokok dan ramuan sirih.
