Hambatan yang terjadi pada e-government ini masih berkutat dengan masalah website yang tidak berfungsi dengan baik, kerusakan server, keterbatasan sumber daya manusia, pemerintah yang masih belum mengikuti perkembangan zaman, penyediaan layanan online yang kenyataannya masih mengharuskan masyarakat untuk datang ke tempat pelayanan secara langsung.Â
Dengan ini, perlu adanya upaya dengan mengembangkan sistem dan aplikasi yang digunakan oleh seluruh instansi pemerintah, memperhatikan perlindungan keamanan sistem dari ancaman cybercrime, menggunakan enkripsi untuk mengamankan data yang sensitif, serta penegakan hukum terhadap pelanggaran peraturan terkait e-government.