Dalam pandangan Siti jenar, seluruh pandangan beliau ini bersumber dari gagasan sentral ketuhanan. Pandangan beliau tentang tuhan, erat kaitannya dengan konsep manunggaling kawula gusti.
Konsep ini secara teologis menjelaskan tata gambaran hubungan manusia dengan tuhan, secara sosiologis antara manusia dengan manusia, dan secara ekologis antar manusia dengan lingkungan sekitarnya. Dalam pandangannya, tuhan itu adalah wujud yang tak dapat dilihat oleh mata. Ia memiliki dua puluh sifat yang indah, yang menyerupai bintang-bintang.
Selanjutnya, Jenar menganggap Hyang Widhi (Tuhan) itu serupa dengan dirinya. Ia menganggap bahwa dirinya adalah jelmaan zat Tuhan yang memiliki dua puluh sifat. Oleh karena itu, Jenar menganggap bahwa dirinya memiliki kesempurnaan sebagaimana Tuhan.
Mengenai citra manusia menurut Jenar, ia percaya bahwa orang-orang dengan alam yang sempurna akan lahir di Bumi atas nama Allah. Jenar mengajarkan, bahwa dengan seseorang menyadari bahwa manusia adalah wakil Tuhan di muka bumi, dia berkata ”…maka masing-masing dari kalian adalah perintah hukum Tuhan (Syariah) berdasarkan firman Allah dan teladan Rasulullah. Kalian harus taat.” Disini, Jenar menekankan pemikirannya, yakni humanisasi sebagaimana yang dicontohkan Rasulullah dahulu.
Pandangan jiwa menurut Jenar ialah suara hati nurani yang merupakan bisikan dari zat Tuhan yang harus ditaati. Selain merupakan ungkapan Tuhan, Jenar juga berpendapat bahwa suara hati adalah penjelmaan Hyang Widi (Tuhan) yang ada di dalam jiwa. Berbeda dengan akal yang selalu berubah-ubah, sebuah jiwa menurut Jenar sifatnya adalah kekal.
Syekh Siti Jenar melihat alam semesta sebagai kosmos besar, sama halnya ketika ia memandang manusisa sebagai kosmos kecil, hakikat diri manusia menurut beliau adalah sesuatu yang besar, karen mewakili zat tuhan yang maha besar pula.
Jenar menganggap alam semesta adalah sesuatu yang hawadits, bisa rusak, dan tidak kekal. Segala sesuatu yang mengalami kerusakan menurut Jenar adalah seperti barang pinjaman yang suatu saat harus dikembalikan kepada Tuhan.
Fungsi akal menurut Syekh Siti Jenar erat hubungannya dengan intuisi. Dan pandangan inilah yang banyak pengaruhnya terhadap pondasi ajaran islam sendiri, yakni lima rukun islam. Seperti yang sudah disebutkan sebelumnya bahwa Jenar menganggap akal adalah sesuatu yang tidak sempurna dan bisa berubah-ubah.
Ia juga menganggap bahwa akal dan intuisi seperti pengetahuan mengenai wahyu yang bersifat intuitif. Kemampuan ini muncul bersamaan dengan adanya kesadaran dalam diri seseorang. Inilah sebabnya mengapa Jenar berkesimpulan bahwa pengetahuan mengenai kebenaran ketuhanan akan diperoleh seseorang bersamaan dengan penyadaran diri orang tersebut.
Menurut Widji Saksono, dalam pandangan Jenar, kehidupan didunia sekarang ini tidak lebih dari bentuk kematian. Menurut jenar, orang yang hidup didunia statusnya sama seperti mayit, sebaliknya, kematian bagi Jenar adalah suatu awal kehidupan yang abadi.
Singkatnya, ajaran Jenar yang berkaitan dengan kehidupan adalah bahwa setelah roh manusia terlepas atau keluar dari badan wadagnya atau raganya, ia akan hidup dengan langgeng. Kehidupan abadi tidak dimulai dari lahirnya seseorang ke dunia. Semuanya ia anggap sebagai hal baru yang karenanya tidak abadi. Ia hidup sendiri di mana semuanya berasal dari kehendak pribadinya sendiri.
