Pilitik: kabupaten manggarai timur merupakan hasil pemekaran, sehingga dinamika politik local sering kali focus pada pengelolaan otonomi daerah dan menyediakan kebutuhan masyarakat secara merata. Tantangan politik meliputi pengelolaan pemerintah yang efektif, peningkatan partisipasi masyarakat dalam pengambilan keputusan dan penguatan demokrasi di tingkat local. Hubungan memastikan antar pemerintah daerah dan pusat menjadi penting untuk alokasi anggaran dan kebijakan sesuai kebutuhan wilyah.
Ekonomi: Perekonomian di manggarai timur di dominasi oleh sector pertanian, perkebunan seperti kopi, dan perternakan dengan banyak masyarakat bergantung pada aktivitas subsistem. Dan potensi pariwisata yang besar seperti destinasi budaya, dan keindahan alam belum sepenuhnya dimanfaatkan karena infrastruktur masih terbatas.
Lingkungan: manggarai timur memiliki kekayaan alam, termasuk hutan, sumber air dan ekosistem yang mendukung keanekaragaman hayati. Tantangan lingkungan meliputi deforestasi, degradasi lahan, akibat pertanian yang tidak berkelanjutan, dan resiko bencana alam seperti banjir dan tanah longsor. Pengelolaan sumber daya alam secara berkelanjutan menjadi isu penting untuk melestarikan lingkungan sekaligus mendukung kesejahteraan masyarakat.
Sosial: Kabupaten ini memiliki masyarakat yang kaya akan budaya tradisional, seperti adat caci, dan praktik keragaman yang kuat. Tantangan social meliputi peningkatan akses pendidikan, kesehatan dan kesetaraan gender di komunitas pedesaan. Pengaruh modernisasi perlahan-lahan membawa perubahan social, yang kadang menimbulkan konflik antar tradisi dan pengembangan zaman.
Hukum: Penegakan hokum di wilayah ini sering kali menghadapi tantangan akibat infrastruktur dan sumber daya manusia yang terbatas. Konflik terkait batas tanah, sumber daya alam atau adat istiadat masih menjadi isu di beberapa komunitas, perlindungan permpuan juga menjadi perhatian penting
Teknologi: akses teknologi di manggarai timur masih terbatas, dan jaringan telekomunikasi belum merata. Pemanfaatan teknologi untuk sector pendidikan, pertanian, dan pemerintahan memiliki potensi besar, untuk mempercepat pembangunan. Tantangannya adalah menyediakan infrastruktur teknologi dan pelatihan keterampilan digital bagi masyarakat local.
Peraturan pemerintah No 41 Tahun 2007, Tentang  Organisasi perangkat daerah, dengan mempertimbangkan kewenangan dan karakteristik daerah dengan pola minimal, dan telah mendapatkan persetujuan mentri perdayagunaan aparatur negara (PAN) sebagai berikut:
1. Sekeretariat Daerah, terdiri dari dua bidang /asisten yaitu: asisten bidang pemerintahan dan kesejahteraan social membawahi 3 bagian yaitu:
Bagian Tata Praja
Bagian Kesejahteraan Sosial
Bagian Hukum dan Organisasi
      Selanjutnya asisten bidang administrasi ekonomi dan pembangunan membawahi 3 bagian yaitu:
Bagian Ekonomi dan Pembangunan
Bagian Keuangan
Bagian Umum
3. Dinas Pendidikan dan Kebudayaan
  Kabupaten manggarai timur memiliki organisasi pemerintah daerah yaitu Dinas Pendidikan dan Kebudayaan karena Pendidikan dan kebudayaan merupakan sector penting dalam pembangunan daerah, khususnya untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia (SDM) dan melestarikan budaya local. Adanya dinas ini di dasarkan pada tanggung jawab pemerintah daerah untuk melestarikan fungsi-fungsi pemerintah di bidang Pendidikan dan kebudayaan sesuai dengan amanat undang-undang.
  Ada alasan utama keberadaan dinas Pendidikan dan kebudayaan di Manggarai Timur:
Peningkatan Mutu Pendidikan, sebagai daerah otonom kabupaten manggarai timur bertanggung jawab untuk meningkatkan akses mutu, dan pemerataan Pendidikan di wilayahnya. Dinas ini mengelola sekolah, tenaga Pendidikan, sarana prasarana, serta program Pendidikan seperti beasiswa atau kurikulum yang relevan dan kebutuhan local.
Pelestarian Budaya Lokal, manggarai timur memiliki kekayaan budaya yang khas seperti tradisi adat, seni dan Bahasa daerah, tugas dari dinas ini untuk melestarikan mengembangkan dan mempromosikan warisan budaya tersebut agar tidak punah dan tetap relevan di tengah.
Kabupaten manggarai timur seperti daerah lain di Indonesia, menggunakan asas otonomi daerah sebagai dasar dalam penyelenggaraan pemerintah daerah. Hal ini di atur dalam undang-undang 23 tahun 2014 tentang pemerintah daerah.
Asas Otonomi Daerah
  Pemerintah kabupaten manggarai timur mempunyai kewenangan untuk mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintah berdasarkan kepentingan masyarakat setempat sesuai dengan peraaturan perundang-undang. Jadi adapun alasan kabupaten manggarai timur memiliki menggunakan otonomi daerah yaitu:
Kewenangan, otonomi daerah memberikan manggarai timur kewenangan untuk mengatur dan mengurus urusan pemerintahan sesuai dan kebutuhan masyarakat setempat.
Pemberdayaan Daerah, otonomi daerah bertujuan untuk memberdayakan daerah agar lebih mandiri baik secara administrative maupun ekonomi kabupaten manggarai timur dapat mengoptimalkan potensi lokalnya seperti sector pariwisata dan pertanian
