Setelah Belanda pergi dari Indonesia, benteng ini sempat terbengkalai dan dibiarkan terpendam. Hingga akhirnya pada tahun 1986 dilakukan penggalian utama oleh PT Wardoyo sehingga Benteng Pendem dapat dibuka untuk pariwisata.
Semua ruangan yang ada di benteng ini boleh dikunjungi oleh pengunjung. "Intinya positif jangan yang negatif-negatif," ungkap Satimin. Satimin mengatakan bahwa jangan macam-macam saat di Benteng Pendem karena benteng ini sudah berusia ratusan tahun dan tidak bisa dibangun lagi.
Satimin mengatakan bahwa proses penggalian benteng ini menelan biaya yang sangat banyak. Membutuhkan biaya kurang lebih Rp 200.000.000 untuk menggali Benteng Pendem. "Pada tahun itu uang Rp 1.000 saja sudah dapat sepeda motor," ungkap Satimin.
Hingga tahun 2020, penggalian masih belum dapat dilakukan secara maksimal. Proses penggalian baru dilakukan sekitar enam puluh persen. Masih terdapat banyak ruangan yang terpendam tetapi sulit untuk digali lagi karena membutuhkan biaya yang banyak dan alat-alat yang canggih.
Seiring berjalannya waktu, fasilitas yang ada di Benteng Pendem juga semakin ditingkatkan oleh pemerintah setempat demi kenyamanan pengunjung. Terdapat gazebo-gazebo yang dibangun agar pengunjung dapat bersantai dan terdapat wahana bebek air yang dapat dinaiki.
Benteng Pendem merupakan salah satu cagar budaya di Cilacap yang patut untuk dilestarikan. Benteng Pendem banyak dikunjungi oleh anak-anak hingga orang dewasa. Banyak pengunjung dari luar kota dan luar pulau seperti Jakarta dan Riau yang datang ke benteng ini.
Salah satu pengunjung benteng ini, Amel, mengatakan bahwa dia masih mau datang ke Benteng Pendem karena Benteng Pendem merupakan tempat bersejarah. "Perlu dilestarikan soalnya tempat sejarah," ujar Amel.
Siapa saja dapat menikmati indahnya Benteng Pendem sembari mengingat akan adanya sejarah. "Nilainya tidak bisa dihitung karena sejarahnya itu," tutup Satimin.
