Bangunannya yang terletak di dalam tanah, membuat musuh yang sedang berada di kapal tidak dapat melihat bangunan Benteng Pendem. "Musuh belum lihat di sini sudah lihat dulu," ujar Satimin.
Selain itu, Benteng Pendem juga digunakan sebagai tempat persembunyian bagi orang-orang Belanda yang membangun benteng ini, dan juga termasuk orang-orang pribumi yang dipekerjakan oleh Belanda untuk membuat benteng.
Satimin mengungkapkan bahwa setelah benteng ini selesai dibangun, pribumi tidak diperbolehkan untuk pulang. "Setelah selesai, dimasukkan penjara dan konon katanya dibantai semua," ungkap Satimin. Hal itu bertujuan untuk mengunci rahasia mengenai Benteng Pendem agar tidak bocor.
Benteng Pendem memiliki ketinggian kurang lebih 3 meter -- 5 meter. Awalnya, benteng ini memiliki lahan seluas 10,5 hektar, namun sebanyak 4 hektar sudah digunakan oleh Pertamina sehingga hanya tersisa 6,5 hektar.
Benteng Pendem memang berlokasi di samping kilang minyak Pertamina. Satimin mengatakan, di bagian bawah Pertamina juga masih menjadi misteri, karena mungkin banyak bangunan-bangunan terpendam juga. "Di dalam Pertamina sangat vital jadi tidak bisa mengakses ke situ," kata Satimin.
Keunikan yang dimiliki oleh Benteng Pendem adalah konstruksinya yang sederhana tetapi kekuatannya melebihi bangunan zaman sekarang. Benteng Pendem dibangun secara manual dan sederhana, hanya terdiri dari susunan bata. "Kata orang zaman sekarang, cuma adukan tok tapi kuat," ujar Satimin.
Benteng Pendem juga didesain secara simetris sehingga meskipun dibangun secara sederhana tetapi bentuk bangunannya sama. Maka, tak mengherankan jika bangunan ini tetap utuh meski sudah berusia ratusan tahun.
Terdapat beberapa ruangan yang dimiliki oleh Benteng Pendem, antara lain barak, klinik, ruang pertahanan, ruang rapat, tempat meriam, gudang senjata, kamar penjaga, ruang perlindungan, gardu pandang, terowongan, parit, sumur, ruang akomodasi, ruang perwira, dan terdapat juga jembatan.
Sedangkan terowongan berfungsi untuk tempat bersembunyi pimpinan-pimpinan Belanda dan terdapat beberapa kamar untuk menaruh meriam. "Fungsinya kalau keadaan darurat," kata Satimin. Jika keadaan di Benteng Pendem tidak aman, maka mereka akan lari ke terowongan untuk bersembunyi.
