Sedangkan sekolah swasta memiliki lebih banyak fasilitas dan pendidikan yang lebih berkualitas. Karena sekolah swasta memiliki sumber penghasilan sendiri seperti dari  yayasan, sponsor, donatur, dan uang sekolah yang dibayarkan orang tua/wali siswa. Dana BOS sekolah swasta dianggap sebagai penghasilan, maka dana yang diberikan tersebut dikenakan pajak.Â
Kualitas fasilitas sekolah
Fasilitas yang tidak memadai merupakan masalah yang dialami banyak sekolah. Fasilitas sekolah adalah sarana prasarana yang menunjang proses pembelajaran peserta didik. Fasilitas sekolah yang baik dapat menunjang proses pembelajaran dan mampu menjawab kebutuhan-kebutuhan peserta didik dan pendidik. Contoh dari fasilitas sekolah yang tidak memadai/tidak baik adalah seperti kelas yang berisi hingga 50 anak pada sekolah-sekolah karena kurangnya ruangan kelas, masalah kualitas guru, teknologi, dan masalah kebersihan dan kelayakan ruangan-ruangan seperti kamar mandi dan kelas. Fasilitas di sekolah berfungsi agar anak-anak bisa belajar dengan nyaman serta proses pembelajaran bisa berjalan dengan baik karena semua kebutuhan telah tersedia. Maka dengan fasilitas yang buruk akan mengganggu kualitas pembelajaran yang secara tidak langsung mengakibatkan perbedaan kualitas siswa dengan sekolah yang berfasilitas lengkap. Pengadaan fasilitas sekolah yang berkualitas bisa terlaksana jika pengalokasian anggaran dilakukan dengan benar.
Kualitas guru
Guru yang berkualitas adalah guru yang kreatif dan inovatif, mampu berkolaborasi, dan fleksibel. Sekolah yang berkualitas memastikan kualitas gurunya dengan usaha seperti program pelatihan guru berkala. Kualitas guru sangatlah penting pada kualitas pendidikan karena gurulah yang secara langsung mendidik peserta didik dalam ruang belajar. Kualitas guru ditentukan oleh tingkat dan kualitas pendidikannya. Semakin tinggi kualitas pendidikan seorang guru, semakin baik pula kemampuannya untuk mendidik.
Di sekolah negeri, kualifikasi untuk menjadi guru adalah telah mendapat gelar Sarjana Pendidikan (S.Pd) dan spesialisasi pada bidang yang diambil. Di sekolah swasta pun umumnya juga seperti itu, namun proses seleksi untuk menjadi guru sekolah swasta lebih rumit dan biasanya terdapat seleksi-seleksi lanjutan. Sekolah swasta memberikan pelatihan-pelatihan guru berkala, sedangkan sekolah negeri umumnya mengadakan sesuai program pemerintah saja.
Kesejahteraan guru
Kesejahteraan guru merupakan salah satu hal yang menentukan kualitas guru pada suatu sekolah. Contohnya guru yang sejahtera maka akan baik pekerjaannya, dan sebaliknya guru yang tidak sejahtera akan cenderung menurun pula kualitasnya. Guru dengan kualitas baik adalah guru yang menghargai, percaya dan menantang peserta didik.Â
Guru yang baik adalah guru yang bukan hanya mengajarkan pengetahuan, tapi juga bisa mengajarkan nilai-nilai kepada murid-muridnya. Sedangkan guru yang berkualitas rendah cenderung untuk melakukan tanggung jawabnya secara setengah hati karena gajinya yang tidak cukup ataupun pas-pasan. Berdasarkan databoks, gaji guru di Indonesia adalah yang paling kecil di Asia Tenggara. Maka dengan meningkatkan gaji guru di sekolah-sekolah negeri dapat mengangkat kualitas pendidikan Indonesia.
Perbedaan kondisi ekonomi
Kesenjangan pendidikan di Indonesia semakin kental karena perbedaan kondisi ekonomi anak-anak perkotaan dengan anak-anak pedesaan. Kondisi ekonomi di pedesaan ditopang oleh penghasilan yang umumnya bersumber dari pertanian dan perdagangan bahan baku tergantung wilayah dan kondisi geografisnya. Seperti desa Widoro di pesisir Selatan Jawa Timur yang sumber penghasilannya perdagangan perikanan. Sedangkan anak-anak di perkotaan dengan kondisi ekonomi orang tua yang lebih baik sudah memiliki head start. Misalnya, anak perkotaan sudah lebih dahulu kursus, mendapatkan asupan gizi lebih baik, dan akses buku yang lebih baik. Sudah begitu, mereka memiliki akses kepada sekolah-sekolah yang lebih mahal dan berkualitas lebih baik. Sebaliknya anak-anak pedesaan menyerah pada sekolah-sekolah yang tersedia saja.
