Fase berikutnya adalah pembentukan badan usaha khusus untuk menangani pelaksanaan Jaminan Kesehatan Nasional. Untuk itu dibentuk  BPJS Kesehatan dan BPJS Tenaga Kerja. Dalam hal ini Badan Penyelenggara Jaminan Sosial Tenaga Kerja diadakan khusus untuk para karyawan. Sedangkan untuk masyarakat luas adalah Badan Penyelenggara Jaminan Sosial Kesehatan. Dalam hal jumlah keanggautaan maka BPJS Kesehatan adalah yang terbesar. Ini pula mengapa pembentukan badan usaha ini memakan waktu, apalagi dalam pemilihan para direksi dan komisarisnya.
Semangat yang tinggi disertai altruism karena menyangkut kesehatan bangsa Indonesia masa kini dan mesa mendatang ternyata mulai menghadapi realita di lapangan yang sangat diluar perkiraan. Pasien yang membludak namun obatnya kurang ditemui dalam waktu yang tidak terlalu lama dan diresmikannya BPJS Kesehatan. Rumah sakit mengeluh karena pembayarannya terlambat. Dokter dan perawat merasakan penghasilan mereka berkurang dibandingkan dengan sebelum diberlakukannya BPJS Kesehatan. Industri Farmasi mengalami masalah dalam arus kas mereka. Apotik yang bekerja sama dengan BPJS Kesehatan merasakan gangguan yang lebih kecil dibanding industri farmasi secara nilai absolut, namun relatif besar nilainya bagi apotik. Alhasil terjadi mimpi buruk bagi semua pihak. Defisit yang pertama mulai dialami oleh BPJS Kesehatan.
Manajemen:
Dari kasat mata  sesungguhnya pada tubuh BPJS Kesehatan telah berlaku pepatah lama, lebih besar pasak dari pada tiang. Pengeluaran uang yang begitu deras, besar, dan dahsyat ternyata tidak mampu diimbangi oleh pemasukannya. Situasi seperti ini pasti tidak bisa didiamkan. Walaupun institusi ini bekerja untuk melayani masyarakat luas dalam jaminan kesehatan, pada dasarnya BPJS Kesehatan juga suatu institusi bisnis. Sebagai institusi bisnis, maka BPJS Kesehatan harus tetap eksis sesuai dengan visi dan misinya. Selain itu, BPJS Kesehatan harus berkembang untuk mememberikan pelayanan kesehatan yang terbaik bagi masyarakat yang merupakan anggautanya. Untuk itu BPJS Kesehatan harus juga sehat.
Melihat persoalan intinya adalah aspek keuangan, maka pengaturan keuangan yang harus ditata ulang sesuai dengan kaidah tata kelola perusahaan yang baik.Lebih dalam lagi, tentu yang dimaksud adalah bahwa manajemen keuangannya harus diatur dengan bagus. Bahkan, nampaknya strategi finansialnya yang harus ditelaah lebih jauh, boleh jadi ada kesalahan strategi finansial dalam mendisain, menjalankan, dan mengembangkan BPJS Kesehatan dari aspek finansial.
Karena yang bermasalah adalah manajemen pengelolaan dilihat dari aspek finansial, maka pada akhirnya akan tiba pada sumber daya manusianya khususnya pada manajemen pengelolanya atau mereka yang menduduki manajemen puncak. Pertanyaan utama di sini adalah sejauh mana kompetensi dan pengalaman mereka dalam bidang keuangan? Karena kita bisa lihat kebijakan Kantor Menteri BUMN akhir-akhir ini telah mengambil keputusan drastis dengan menggantikan beberapa pimpinan puncak BUMN dengan mereka yang mempunyai latar belakang, kompetensi, dan jam terbang dalam dalam bidang keuangan dengan alasan utama bahwa beberapa BUMN tersebut memang memerlukan pimpinan puncak seperti itu untuk kebutuhan beberapa BMUN Tersebut. Trend semacam ini boleh jadi akan berlaku bagi banyak BUMN termasuk BPJS Kesehatan yang didera masalah keuangan. Bagaimanapun, kita bisa melihat bahwa mayoritas perusahaan-perusahaan global yang bisa bertahan kokoh adalah perusahaan-perusahaan yang secara finansial kuat. Bahkan ini terlihat pada badan-badan usaha yang bisa bertahan sampai beberapa generasi. Survai yang telah dilakukan oleh majalah bisnis termasyur, FORTUNE, telah dan selalu membuktikan demikian. Tentu saja ada aspek lain yang juga ikut menentukan adalah sejauh mana suatu badan usaha mampu terus berinovasi. Karena ini juga merupakan kata kuncinya.
Akan halnya BPJS Kesehatan, kondisinya sudah sangat mendesak. Akhirnya diperlukan nakhoda yang mampu membawa kapal besar bernama BPJS Kesehatan melewati ombak yang besar sehingga mencapai tujuannya. Setiap detik waktu sangat berharga. Â Karena ini masalah pelayanan kesehatan , setiap saat ada yang sakit, yang pasti memerlukan pelayanan kesehatan yang prima. Semuanya memerlukan dana yang tidak sedikit yang hanya bisa diberikan oleh suatu BPJS Kesehatan yang juga sehat.
