Gambar 2. Candi Bentar di pintu Masuk area makam
Secara keseluruhan, bangunan ini berdiri di atas tanah seluas 7 haktare, yang terbagi menjadi tiga area. Area tersebut antara lain area Masjid, area pemakaman dan area mosueum. Area pemakaman terletak dibelakang Masjid atau disebelah barat Masjid. Area makam tersebut terbagi menjadi tiga teras seperti makam-makam kuno lainnya. Pembagian  teras tersebut didasarkan pada kedudukan sosial jenazah yang dimakamkan. Teras pertama, yang terletak paling bawah area  pemakaman bagi masyarakat umum dibatasi dengan Gerebang Candi Bentar. Teras kedua,  yang terletak di tengah merupakan makam dari masyarakat yang sosialnya lebih tinggi yang juga dibatasi dengan Gerbang Candi Bentar. Teras ketiga, teras paling atas atau yang berada didalam cungkup merupakan makam orang-orang yang status sosialnya paling tinggi seperti Ratu Kalinyamat, Sultan Hadlirin, Raden Abdul Jalil (Syekh Siti Jenar), Patih Sungging Badarduwung dan kerabat Ratu Kalinyamat, yang mana area makam pada teras ketiga tersebut dibatasi dengan Gapura Paduraksa. Pada batu nisan makam bagian dalam cungkup, batu nisannya berbentuk seperti tanda kurung kurawal, disertai ragam hias berupa segi empat pada bagian jirat, bingkai cermin berisi sulur-suluran, palang Yunani dan penampil candi. Motif hias yang menarik lainnya adalah terdapat motif hias berupa lingkaran yang menyerupai sinar matahari atau biasa disebut Surya Majapahit. Selain bangunan masjid dan makam, pada kompleks ini juga terdapat dua pipisan dan gundik yang terdapat pada kaki gapura Paduraksa di halaman ketiga pada kompleks makam.
Bangunan inti Masjid ini mempunyai bentuk persegi Panjang dengan ukuran 22 x 17 meter. Jika dilihat dari depan, masjid ini memiliki 3 bentuk atap yang berbeda. Atap inti bangunan masjid memiliki 3 undakan yang semakin mengecil, atap bangunan sebelah kanan hanya memiliki dua undakan dan atap bangunan serambi masjid berbentuk Joglo. Hasil akulturasi seni arsitektur masa Majapahit dan Tionghoa dapat dilihat pada atap  yang berbentuk tumpeng dan terdapat mustaka. Masjid ini memiliki tangga yang cukup tinggi, yaitu berjumlah 10 anak tangga. Tangga tersebut terbagi menjadi dua bagian, yaitu bagian sebelah kanan dan bagian sebelah kiri dengan ukuran lebar yang berbeda. Sedangkan jika dari Jalan raya, pengunjung harus menaiki 26 anak tangga untuk sampai pada halaman masjid.  Bangunan masjid ini jika dilihat dari luar tampak seperti pendopo, karena bentuknya seperti rumah adat Joglo. Hal tersebut menjadi keunikan tersendiri pada Masjid Mantingan dibandingkan dengan bangunan masjid-masjid lain terutama bangunan masjid bergaya Islam. Bentuk atap menggunakan soko guru, bersusun tiga berundak, terdapat serambi dan denah berbentuk segi pada bangunan Masjid Mantingan termasuk pada tipologi masjid Jawa Kuno.
Â
 
Gambar 3. Bangunan Masjid Mantingan dari depan
 
Â
Gambar 4. Bentuk atap bangunan utama Masjid Mantingan
Gambar 5. Tangga menuju area Masjid dari Jalan Raya
