Begitupun dengan plafon pada klenteng ini sama seperti plafon pada Klenteng Kyai Juru Mudi yang memadukan balok vertikal dan horizontal. Sementara warna yang digunakan adalah warna putih, merah,dan hijau.
Goa buatan tempat pemujaan Sam Poo Kong ini memiliki atap yang datar. Warna yang digunakan dominan berwarna hijau dengan pola persegi.
Klenteng Kyai Jangkar yang merupakan tempat pemujaan terhadap jangkar suci yang dipercaya sebagai jangkar milik Laksamana Cheng Ho ini memiliki atap bertingkat dua dan warna yang dominan merah.
Klenteng Kyai Nyai Tumpeng dan Kyai Tjundrik Bumi yang merupakan klenteng terakhir di kompleks klenteng ini memiliki atap limasan dengan genteng tanah liat berwarna coklat.
B. Makna Atap
Makna dari atap yang bertingkat tiga menunjukkan kesakralan klenteng utama. Hal ini dikarenakan klenteng ini merupakan klenteng pemujaan bagi Laksamana Cheng Ho yang dianggap sebagai leluhur.
Semakin banyak tingkatan pada atap, maka semakin sakral juga bangunan tersebut. Sementara untuk tipe atap sendiri, tipe atap yang digunakan pada bangunan klenteng utama, klenteng Kyai Juru Mudi, dan klenteng Dewa Bumi adalah kombinasi atap jurai dengan atap pelana. Bubungan yang digunakan adalah tipe awan berombak. Pada bangunan Kyai Jangkar, tipe atap yang digunakan adalah atap pelana dengan dinding tembok/solid
Sedangkan bubungan pada bangunan ini bertipe ujung lancip. Tipe gunungan yang digunakan adalah tipe elemen kayu. Hal berbeda ditemukan pada bangunan baru goa pemujaan Sam Poo Kong yang menggunakan atap datar.
