Sementara PKB versi Muhaimin menggelar Muktamar Luar Biasa di Hotel Mercure Ancol, Jakarta, pada 2 Mei 2008.Â
Dalam Muktamar tersebut Kedua belah pihak saling memecat satu sama lain.
Cak Imin di depak dari posisi Ketua Umum PKB versi Gus Dur.Â
Sedangkan PKB versi Cak Imin mengganti Gus Dur sebagai Ketua Dewan Syuro oleh KH. Aziz Mansyur dan memberhentikan Yenny Wahid dari jabatannya sebagai Sekretaris Jenderal PKB.
Konflik kemudian terus memanas, hingga PKB kubu Gus Dur menggugat Kubu Muhaimin Iskandar ke Pengadilan karena dianggap melanggar Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga (AD/ART) partai.
Proses hukum, gugat menggugat antara Kubu Gus Dur dan Kubu Cak Imin ini cukup panjang hingga proses hukum terakhir di Mahkamah Agung.
Putusannya, MA memenangkan gugatan Kubu Cak Imin, Pengurus PKB yang sah adalah hasil Muktamar Semarang 2005 dimana Muhaimin Iskandar sebagai Ketua Umum dan Abdurahman Wahid sebagai Ketua Dewan Syuro.
Menurut Putri sulung Gus Dur Alissa Wahid dalam tulisan di blog pribadi miliknya Allisawahid.wordpress.com bertajuk "Bapakku Bukan Perekayasa Konflik".
Setelah putusan MA tersebut, Cak Imin dan Gus Dur berkantor di dua tempat berbeda, Cak Imin tetap berkantor di Menteng, sementara Gus Dur berkantor di Kantor Asli PKB di kawasan Kalibata.
Meskipun, oleh MA telah ditetapkan bahwa Gus Dur adalah Ketua Dewan Syuro PKB . Tetapi dalam setiap keputusan partai tak lagi dilibatkan oleh Cak Imin.
Puncaknya saat penentuan Daftar Calon Sementara (DCS) untuk pemilihan anggota legislatif dalam Pemilu 2009, seluruh susunan DCS dibuat sendiri oleh Cak Imin dan orang dekatnya yang merupakan pengurus PKB.
