Setahun berselang, secara resmi Merpati menjadi perusahaan yang sepenuhnya komersial milik negara, mungkin dalam istilah saat ini adalah Badan Usaha Milik Negara (BUMN).
Meskipun demikian, pada kenyataannya operasional PT. Merpati Nusantara Airlines itu belum bisa dilepaskan dari infus modal negara karena mengemban misi menerbangi rute perintis berbiaya tinggi tapi minim pendapatan, salah urus manajemen keuangan perseroan dan terlalu beragamnya jenis pesawat yang dimiliki sehingga menjadikan ongkos operasional Merpati menjadi sangat tinggi, belum lagi ada kebocoran di sana sini.
Dengan fakta itu, kemudian pemerintah menyiasati hal tersebut dengan menarik Merpati menjadi anak perusahaan Garuda yang saat itu memang lumayan moncer.
Dengan aksi korporasi ini, maka terjadi pengalihan penguasaan modal yang tadinya langsung dimiliki negara menjadi dikuasai Garuda.
Pengalihan ini dtetapkan pemerintah melalui Peraturan Pemerintah Nomor 30 tahun 1978. Tetapi pengalihan tersebut tak berdampak terlalu besar pada operasional Merpati, mereka tetap saja harus tergantung pada bantuan pemerintah.
Namun perlahan Merpati mulai menapaki kejayaannya, pada era 1990-an awal hingga mendekati akhir. Saat itu Merpati memiliki 100 unit pesawat dari berbagai jenis untuk melayani rute domestik dan internasional.Â
Program pelayanan haji dan transmigrasi turut memiliki andil sehingga maskapai milik negara tersebut berkembang lumayan pesat.
Mengingat pertumbuhannya kian membaik, pada tahun 1995 maskapai ini diberikan akses oleh pemerintah untuk membangun fasilitas pesawat, Merpati Maintenance Facility (MMF) serta sekolah dan pelatihan penerbangan dengan nama Merpati Training Facility di Bandara Djuanda Surabaya.
Merpati terus menunjukan perkembangan yang cukup signifikan sehingga membuat Pemerintah saat itu, mengambil keputusan untuk memisahkan kembali Merpati dari Garuda Indonesia, dengan tujuan agar PT. Merpati Indonesia Airlines bisa menjadi BUMN yang lebih mandiri.
Namun, pesatnya perkembangan kepak sayap Merpati terganggu oleh krisis moneter yang melanda Indonesia pada tahun 197-1998. Meskipun kemudian pada awal 2000-an kondisi ekonomi Indonesia mulai membaik, tapi tidak demikian dengan Merpati.
Apalagi kemudian peta industri penerbangan nasional mulai berubah setelah adanya regulasi baru yang memungkinkan berbagai penerbangan swasta bermunculan.
