Meski MIAI dibubarkan, kaum muslimin menduduki bagian penting dalam organisasi politik pemerintahan militer Jepang. MIAI juga masih berpengaruh dalam perjuangan kemerdekaan terlebih sebelum dibubarkan MIAI memiliki kantor di Jakarta dan menerbitkan majalah "Suara Islam " atas usul dua ormas besar Muhammadiyah dan NU (Kayyis,2015:23) Keberadaan majalah ini mempengaruhi umat Islam di Indonesia untuk bersatu sebagai bangsa Indonesia. Setelah MIAI dibubarkan tokoh NU dan Muhammadiyah mendirikan Masyumi (Majelis Syuro Muslimin Indonesia) sebagai organisasi pengganti MIAI tanpa tekanan dari Jepang. Pada rapat 25 Januari 1944 di Jakarta para tokoh Islam membentuk pengurus Masyumi pusat sebagai berikut:
Ketua Besar          : K.H.Hasyim Asyari
Ketua Muda I Â Â Â Â Â Â Â Â : K.H. Wahid Hasyim
Ketua Muda II Â Â Â Â Â Â Â : A.Mukti
Pembantu            : K.H.Mochtar
Kartosudarmo
Zainul Arifin
K.H. Mas Mansur
K.H. Sadri                           Â
H.M. Hasyim
K.H. Nachrawi Thahir