Pada masa penduduk Jepang Stasiun kereta api Pasirian tetap menunjukan eksistensi untuk kegunaannya sebagai alat transportasi tapi berorientasi pada kepentingan perang Jepang.Â
Stasiun kereta api pasirian dengan pergeseran fungsi juga memberikan dampak berkelanjutan mulai dari sistem operasional secara keseluruhan dari kereta api mulai tidak berlakunya jadwal pemberangkatan kereta api yang sudah di jalan pada masa Hindia-Belanda  Jepang berfokus pada kepentingan militer untuk berperang melawan sekutu.Â
Akhirnya Jepang pada tanggal 6 dan 9 agustus 1945 dibom atom oleh pihak Amerika Serikat blok sekutu, dengan ini apa perkiraan Jepang dengan dibangunnya pertahanan militer di wilayah Pasirian tidak digunakan sama sekali, Jepang kalah dalam perang melawan sekutu.