1.membatalkan pembentukan "negara Papua" yang diciptakan oleh kekuasaan kolonial Belanda
2.mengibarkan bendera Indonesia di Irian Barat, dengan demikian menegaskan kedaulatan Indonesia di daerah tersebut
3.mempersiapkan mobilisasi untuk "mempertahankan kemerdekaan dan penyatuan tanah air"
Tidak terbayang lagi perasaan Frans yang sudah rela masuk penjara untuk menyatukan kedaulatan Irian barat dengan Republik Indonesia. Setelah keluarnya Trikora tersebut Frans juga turut aktif dalam pengibaran bendera merah putih di Irian barat dia dengan bangga nya mengibarkan bendera merah putih di tanah papua kala itu, dan dia juga termasuk kumpulan orang pertama kali yang menyanyikan lagu Indonesia Raya di tanah papua, karna adanya trikora tersebut Belanda terpaksa harus menandatangani perjanjian New york pada 15 Agustus 1962. Dan karna kejadian itu tepat 1 tahun Belanda menandatangani perjanjian tersebut pada 1 Mei 1963, Perserikatan Bangsa Bangsa mengesahkan pengalihan Irian barat ke Republik Indonesia, tapi pemerintah Republik Indonesia diberi tugas dari tahun 1963-1969 pemerintah harus mengembangkan daerah Irian barat dan pada akhir tahun warga asli papua harus memutuskan ingin terus dengan Indonesia atau ingin mengurusnya sendiri, Frans pun senang dengan keputusan dari PBB tersebut, karna perjuangan dia tidak sia sia.
  Dan Gubernur pertama Irian yaitu Elias jan Bonai yang menjabat kurang dari 1 tahun dari 1963-1964, awalnya bonai memihak kepada Rakyat tapi sayangnya dia menyalah gunakan kekuaasaan dan menggunakan Penentuan Pendapat Rakyat di Irian untuk memisahkah pemerintahan dari tindakan Bonai menyebabkan dia harus mengundurkan diri,saat dia turun dari jabatannya dia mendorong membuat organisasi yang dinamakan OPM (Organisasi Papua Merdeka). karena Frans sudah terkenal dengan perjuangannya Frans pun menjabat sebagai gubernur "Aku harus membuat warga Irian ini kembali kepada Republik Indonesia lagi apa yang harus aku lakukan" terbesit di pikirannya untuk mengajak warga Irian agar percaya dengan Republik Indonesia karna hal itu membuat dorongan Pemerintah Indonesia untuk opsi penentuan pendapat rakyat
Dia berani mengambil resiko meskipun harus melawan Rakyat papua asli, akhirnya pada tahun 1969 Irian yang berganti nama menjadi Papua resmi tergabung dalam indonesia
"Akhirnya aku bisa menyatukan Pulau tercinta ku ini dengan Republik Indonesia" karena tekad yang bulat tersebut Frans terpilih menjadi anggota parlemen untuk Papua di dalam Majelis Permusyawaratan Rakyat. "Tidak tepikirkan sekali dulu aku hanya seorang manusia biasa tapi sekarang aku sudah bisa menyatukan pulau tercintaku dengan Negara ini dan bahkan aku sekarang sudah masuk anggota parlemen" ucap Frans saat senggang di kesibukannya menjadi anggota MPR, "diriku harus bekerja dengan giat lagi dan bisa mempertahankan Republik Indonesia ini walaupun diriku harus mengorbankan nyawa." benar saja apa yang dikatakan Frans dia diangkat menjadi Dewan Pertimbangan Agung pada tahun 1977 sebagai wakil urusan papua.
Frans pun menjalani harinya dengan bangga karna menjadi salah satu orang yang menyatukan tanah kelahirannya dengan Republik Indonesia, dan di suatu malam Frans pernah terpikirkan bagaimana jika dia tidak lahir di pulau yang dia cintai ini apakah akan terjadi seperti ini?, ataukah kebalikannya pulau papua sampai saat ini akan masih dikuasai belanda?, terkadang pemikiran seperti itu tiba-tiba muncul saja dalam otak ku ini, tapi aku tidak boleh memikirkan hal yang kurang penting seperti itu, karna pemikiran yang seperti itu jika terlalu dipikirkan tidak akan membuat kita maju sebagai manusia, kita harus berpikiran kedepannya.
  pada tanggal 5 April 1979
Aku sudah merasakan sesuatu yang aneh dalam diriku, ternyata aku terkena demam dan akupun hanya memakan obat yang dianjurkan dokter kepada diriku, setelah 3 hari kemudian aku sehat tidak ada sakit sedikitpun Frans mulai melakukan kegiatan sehari hari seperti biasa tapi sayangnya pada tanggal 10 April 1979 Frans kaisiepo meninggal, tapi sebelum meninggal di dalam suasana yang hening yang hanya ada keluarganya semata Frans berkata sembari mulut sudah susah untuk mengucap dia sempat menitip pesan kepada anak anak penerus bangsa "Jagalah kedaulatan Republik Indonesia perjuangan kami para pahlawan sudah cukup untuk melawan penjajah, sekarang giliran kalian untuk memajukan nama Bangsa Indonesia ini, jangan mau dipecah belahkan oleh pihak manapun, karna kita semua satu bangsa, satu nusa, dan satu kesatuan" dan akhirnya Frans kaiseipo meninggal dunia dan dikuburkan di Taman Makam Pahlawan Cendrawasih, Jayapura.
  Pada tahun 1993 Frans Kaisiepo dikenang sebagai pahlawan nasional. Ini tertuang dalam Keputusan Presiden Nomor 077/TK/1993. Dan juga pada tahun 2016 wajah Frans kaiseipo diabadikan pada uang Rp.10.000,00.Â
