Tetapi Kennedy enggan untuk segera menginvasi Cuba atas balasan dari penempatan missile Soviet tersebut, walaupun para penasihat militernya banyak yang mendesak Kennedy untuk segera melakukan penyerbuan terhadap Cuba.Â
Kennedy justru memilih untuk bernegosiasi dengan pihak Soviet untuk menarik missilenya dari Cuba dibanding harus menginvasi Cuba yang ditakutkan akan menimbulkan konflik yang lebih besar lagi. Sayangnya keputusan Kennedy ini justru membuat para penasihat militernya berang karena menganggap langkah tersebut justru membuat Amerika terlihat lemah.
Usut punya usut, Kennedy pun pada akhirnya setuju dengan permintaan Khruschev tersebut yaitu menarik missile-missile Jupiter Amerika Serikat dari Turkey dan Italy. Kedua belah pihak pada akhirnya sepakat dengan keputusan tersebut dan Khruschev pada akhirnya memerintahkan agar missilenya ditarik dari Cuba,Â
walaupun Amerika Serikat akan menarik enam bulan kemudian dengan dalih bahwa missile Jupiter di Turkey dan Italy memang sudah obsolete dan memang sudah dijadwalkan untuk ditarik kembali. Tetapi keputusan Kennedy tersebut yang sudah membuat konflik yang lebih besar terhindar,Â
tidak disambut baik oleh para petinggi militer, mereka menganggap bahwa keputusan Kennedy tersebut justru membuat Amerika terlihat seperti kalah dan seakan-akan tunduk akan tuntutan Soviet.
Krisis missile Kuba yang berlangsung selama 13 Hari dari 16 Oktober hingga 29 Oktober tahun 1962 ini banyak disebut-sebut sebagai krisis di mana bumi tengah berada diambang Perang Dunia Ketiga, bahkan Perang Nuklir sekalipun. Asumsi tersebut muncul karena ketegangan Amerika Serikat dan Uni Soviet telah mencapai puncaknya pada saat Krisis Missile Kuba,Â
terutama karena banyaknya petinggi militer Amerika Serikat yang terus mendorong Kennedy untuk segera menginvasi Kuba. Jika Kennedy setuju atas dorongan untuk menginvasi Kuba tersebut, bukanlah tidak mungkin jika Perang Dunia Ketiga dan Perang Nuklir akan meletus, terutama karena banyaknya personil Uni Soviet yang juga ditempatkan di KubaÂ
guna mengawasi penempatan missile-missile tersebut dan akan terbunuh jika Amerika menginvasi Kuba dan secara otomatis akan membuat Uni Soviet turun tangan membantu Kuba dari invasi tersebut.
Pada saat Krisis Missile Kuba akibat ketegangan Amerika Serikat dan Uni Soviet yang telah mencapai puncaknya, bayangan akan Nuclear Holocaust ini pun kembali menghantui penduduk di seluruh dunia. Banyak negara yang sudah mempersiapkan rakyatnya untuk evakuasi jika kelak Perang Nuklir pecah.Â
Bahkan di Amerika Serikat hampir sebagian besar penduduk juga sudah berisap-siap untuk evakuasi dan berlindung jika Perang Nuklir meletus. Bahkan akibat dari kengeriaan akan ketegangan Amerika Serikat dan Uni Soviet ini, para ahli Agama juga turut memberi khotbah dan berdoa secara bersama guna menghadapi kehancuran skala besar akibat dari Perang Nuklir jika pada akhirnya meletus.