Dalam bab yang kedua terdiri dari 5 pasal. Pasal pertama tentang bagaimana terjadinya badan dan hal-hal yang berhubungan dengan itu, Pasal kedua tentang perintah kepada roh dan hal-hal yang berhubungan dengan itu. Pasal ketiga tentang peristiwa roh yang diajak bicara oleh Tuhan, ketika ia dikeluarkan dari rusuk Adam.Â
Pasal keempat tentang sifat roh tatkala dikeluarkan oleh Allah Ta'ala dari rusuk nabi Adam dan ditaruh ke dalam rahim Siti Hawa dan perintah roh kepada nutfa (air mani) serta beberapa rahasia yang ditaruh Allah Ta'ala ke dalam badan. Terakhir pasal kelima tentang martabat roh, tempat kembalinya setelah berpisah dari badan (Tudjimah dalam Fang, 2011: 397).
Kepastian kesamaan isi kandungan kitab dapat dibuktikan setelah penulis melakukan pengkajian dan penelaahan terhadap isi kandungan manuskrip tersebut. Ini penulis telaah berdasarkan halaman yang telah diurut dalam manuskrip tersebut, mudah-mudahan dalam pengurutan nomor halaman yang ada di dalam manuskrip tersebut telah benar adanya.
Dalam manuskrip ini, diberi nama Asrar Al Insaan tanpa ada tambahan kata fii Ma'rifat ar Ruh wa al Rahman sebagaimana judul pada kitab aslinya. Berdasarkan dari pengamatan penulis, tebakan terselesainya menyurat (menyalin) kitab ini pada 14 Rabiul Awwal tahun 1304 H (1886 M), hari Sabtu pukul 12 siang, sebagaimana tercantum dalam manuskrip tersebut (halaman 247).Â
Tebakan angka tahun ini didasarkan pada kaidah penulisan angka arab yang ada beberapa jenis kala itu. Ini juga kemungkinan yang mempengaruhi gaya penulisan angka dalam manuskrip tersebut.
Kaidah dalam penulisan angka arab untuk 0 (nol) bakunya ditulis dengan simbol '.' (titik), namun dalam beberapa kaidah lain dituliskan mirip seperti angka nol pada umunya, hanya sedikit lebih kecil buka lingkarannya. Untuk penulisan angka 6 dalam angka arab terkadang lebih mirip sebagaimana angka 6 pada umumnya. Dalam penulisan manuskrip ini juga jarang sekali digunakan simbol '.' (titik) kecuali hanya untuk tanda baca huruf.
Selain itu, setelah bagian penutup kitab tersebut terdapat beberapa halaman lampiran dari penjelasan khusus, yang masih bagian dari isi kitab dan ada tambahan yang ditulis oleh penyurat yang dinamai dengan sa'ir as tsani (sair kedua) dan selesai ditulis di Peradong dengan jumlah 4 halaman. Isi dari sair tersebut merupakan rangkuman dari isi kandungan kitab tersebut.
Kandungan dalam manuskrip ini terbagi dalam dua bab, sama halnya dengan kandungan yang telah disebutkan oleh Tudjimah. Bagian bab yang pertama pada menyatakan segala nama ruh a'zhom (al Azam), sifat, dan hakikatnya. Pada bab ini menjelaskan enam pasal, yakni pasal pertama pada menyatakan nama ruh a'zhom dan dinamai akan dia dengan nama yang berlainan (bermacam-macam), lihat pada halaman 4.Â
Pasal kedua pada menyatakan sifat ruh a'zhom, hakikatnya, dan barang yang ta'liq (mengikut) dengannya, lihat pada halaman 47. Pasal ketiga pada menyatakan ihwal qalbu (hati) dan segala namanya, apa sebab dinamai hati dan setengah daripada segala perangainya, lihat pada halaman 103.
Pasal keempat pada menyatakan setengah daripada ihwal nafsu dan tabiatnya. Pasal kelima pada menyatakan setengah daripada ihwal akal, apakah akal, tempat kediamannya, dan tabiatnya, lihat pada halaman 124.Â