Sementara tantangan dari dalam negri yaitu menghadapi berbagai pemberontakan yang terjadi di berbagai daerah dan keinginan untuk memisahkan diri dari NKRI (negara kesatuan republik indonesia). Contohnya gerakan rakyat maluku selatan, DII dan TII di jawa barat, aceh, makasar dan daerah lain di indonesia.
Dua tantangan tersebut di atas tentu saja merupakan sebagian kecil dari yang pernah Soekarno hadapi. Masih banyak tantangan-tantangan lainnya. Tapi, berkat jiwa kepemimpinan dan kesungguhannya dalam mengelola pemerintahan, segala bentuk tantangan itu bisa dilaluinya dengan baik.Â
Itu pula yang menjadikan beliau selalu mendapat kepercayaan memimpin negara Indonesia, sebelum akhirnya terjadi peristiwa tragis yang merenggut enam nyawa jendral dan satu perwira menengah dalam aksi pemberontakan G 30 S PKI.
Lengser dari Jabatan Presiden hingga Wafat
Pemberontakan yang dilancarkan oleh PKI pada tahun 1965 untuk kemudian dikenal dengan sebutan Gerakan 30 September Partai Komunis Indonesia (G 30 S PKI) rupanya berdampak pada kedudukan presiden Soekarno.
Pemberontakan G 30 S PKI seolah menjadi lonceng pembuka babak akhir perjalanan politik dan kehidupan Soekarno. Setelah PKI dan semua anteknya dibabat habis, politik keseimbangan yang ia mainkan sejak 1960 runtuh dan Angkatan Darat kini tak terbendung. Jenderal Soeharto perlahan-lahan mengambil alih panggung dan menyisihkan Soekarno.
Apalagi, gencarnya aksi demo yang dilancarkan oleh para mahasiswa kala itu dengan tiga tuntutan rakyatnya (Tritura) membuat stabilitas keamanan Bangsa dan Negara Indonesia goyah. Hingga akhirnya, pada 11 Maret 1966, Presiden Soekarno memberikan mandat terhadap Jendral Soeharto untuk mengamankan serta menyelesaikan permasalah yang ada. Untuk kemudian mandat itu dikenal dengan nama surat perintah sebelas maret (Supersemar).
Menurut catatan sejarah, Supersemar ini menjadi lonceng kedua yang mengantarkan Soekarno menuju keruntuhannnya. Dan, berakhirnya masa pemerintahan Presiden Soekarno pada 20 Februari 1967.
Masih dalam catatan sejarah, setelah tidak menjabat presiden, saat sudah tidak lagi memiliki kuasa, Soekarno seolah dimusuhi oleh orde baru di bawah kendali Presiden Soeharto.
Beliau benar-benar telah dianggap menjadi musuh negara sehingga harus diasingkan dan dikucilkan sedemikian rupa. Namun begitu, beliau tetap tegar. Hingga akhirnya karana sakit, beliau menghembuskan nafas terakhir pada 21 Juni 1970. Beliau meninggal dunia pada usia 69 tahun atau tidak lama setelah memperingati hari ulang tahunnya.