Kenapa candi besar ini sampai terlantar dan ditinggalkan orang sampai saat ini masih misteri. Namun boleh jadi endapan gunung api yang menutupinya adalah saksi dari sebuah peristiwa letusan gunung Merapi yang sangat besar di masa purba sehingga membinasakan seluruh masyarakat di sekitarnya.
Candi Borobudur menjadi saksi bisu tentang punahnya peradaban masa lalu karena letusan gunung berapi.
Indonesia, sebagai bagian dari ring of fire dan active tectonic lempeng Indo Australia dan lempeng Eurasia, serta lempeng Pacific, adalah negeri yang dipenuhi oleh gunung api, gempabumi, dan potensi tsunami cukup rentan.
Sejarah mencatat banyak letusan gunung api terbesar terjadi di Indonesia. Yang paling fenomenal adalah letusan gunung raksasa Toba yang terjadi sekitar 74.000 tahun lalu. Kaldera yang terbesar di dunia dari sisa letusan gunung api jaman kuno ini sekarang dikenal masyarakat sebagai Danau Toba.
Pada kejadian letusan katastropik Toba itu, diperkirakan terjadi pemusnahan massal dari populasi hingga 70 persen mahluk hidup di seluruh dunia, termasuk manusia. Hanya sebagian kecil yang dapat survive.
Meskipun demikian, tidak ada data yang cukup untuk mengetahui dengan jelas apa yang terjadi pada peradaban manusia sebelum dan sesudah letusan Toba. Ilmu pengetahuan hanya tahun bahwa paling tidak sejak sekitar 90.000 hingga 100.000 tahun lalu bumi sudah dihuni oleh mahluk berakal dan mengenal Tuhan, seperti kita. Dan sampai saat ini para ilmuwan sedunia percaya bahwa sampai sekitar 10.000 tahun lalu bangsa manusia masih hidup di jaman batu, alias hidup di alam, di hutan-hutan dan goa-goa seperti hewan.
Letusan gunung api katastropik lainnya adalah letusan Gunung Krakatau Purba. Catatan mengenai letusan Krakatau Purba yang diambil dari sebuah teks Jawa Kuno yang berjudul Pustaka Raja Parwa yang diperkirakan berasal dari tahun 416 Masehi.
Ledakan katastropik ini menghancurkan tiga perempat tubuh Krakatau Purba, hancur menyisakan kaldera (kawah besar) di Selat Sunda. Sisi-sisi atau tepi kawahnya dikenal sebagai Pulau Rakata, Pulau Panjang dan Pulau Sertung. Penelitian tentang letusan gunung Krakatau Purba ini masih sangat sedikit, sehingga data ilmiah yang adapun sangat minim, termasuk tentang kapan peristiwa ini terjadi.
Para peneliti geologi hanya bisa memperkirakan bahwa Gunung Krakatau Purba sebelum meletus mencapai ketinggian 2.000 meter di atas muka laut, jauh lebih besar dan tinggi dibandingkan dengan Krakatau sebelum meledak tahun 1883, yaitu hanya setinggi 813 meter di atas muka laut.
Padahal letusan Krakatau yang terjadi 1883 saja mengakibatkan tsunami setinggi 40 meter, dan membunuh lebih dari 36.000 jiwa pada saat itu. Bisa dibayangkan betapa dahsyatnya letusan “Embah Krakatau” pada zaman kuno tersebut.
Fakta ilmiah memperlihatkan bahwa zaman es terakhir terjadi sekitar 20.000 tahun lalu, dimana permukaan laut waktu itu sekitar 130 meter di bawah muka laut sekarang. Oleh karena itu, Pulau Sumatra-Jawa-Kalimantan masih merupakan satu pulau (daratan) besar.
