Pada periode kemerdekaan, yang ditandai dengan dihasilkannya Pengumuman Pemerintah tanggal 3 Oktober tahun 1945 mengenai pembentukan partai atau kelompok politik di negara Indonesia untuk menyambut perencanaan pemilu sehingga banyak partai politik yang mulai terlihat. Seperti contoh PNI atau Partai Nasional Indonesia, Partai Masyumi, Nadhatul Ulama atau NU, dan PKI atau Partai Komunis Indonesia, serta partai politik lainnya.
Partai Masyumi mendominasi pada beberapa kabinet tersebut diantaranya Kabinet M. Natsir, Kabinet Sukiman, Kabinet Wilopo, Kabinet Burhanuddin Harahap dan Ali Sastroamidjojo II. Partai Masyumi tidak menduduki kursi pemerintahan di Kabinet Ali Sastroamidjojo I untuk pertama kali dan di Kabinet Juanda yang disebut Kabinet Karya karena anggota – anggota kabinet yang tidak berlandaskan partai politik. Meskipun kabinet tersebut tidak berumur panjang, masing-masing kabinet berhasil menjalankan program kerjanya dan menghasilkan keuntungan bagi bangsa Indonesia.
Eksistensi Partai Masyumi dalam perpolitikan Indonesia membawa pengaruh yang besar. Partai Masyumi merupakan partai politik terbesar pada masanya dan memiliki kader-kader yang pintar dan cakap dalam bidangnya. Partai Masyumi selalu ikut serta dengan urusan kenegaraan yang penting dari awal kemerdekaan hingga Demokrasi Parlementer. Sebelum kemerdekaan, Partai Masyumi juga ikut melakukan perjuangan dan perlawanan menghadapi penjajah.
Setelah Indonesia merdeka pada tanggal 17 Agustus 1945, Partai Masyumi resmi didirikan dengan diadakannya Kongres Umat Islam pada tanggal 7 – 8 November 1945 di gedung Madrasah Mualimin Muhammadiyah Yogyakarta. Pada awalnya, Dr. Abu Hanifah mengusulkan nama partai politik yaitu “Partai Rakyat Muslimin” yang terinspirasi dari nama partai di Belanda yaitu Partai Rakyaat Katholik dengan nama Katholieke Volksparty (KVP), akan tetapi tidak disepakati. Harjono berpendapat bahwa nama Masyumi telah terkenal sehingga digunakan nama partai yaitu Partai Islam Masyumi.
A. Kabinet Mohammad Natsir
Dalam kabinet ini, M. Natsir selaku ketua fraksi Partai Masyumi mengusulkan mosi pembentukan NKRI karena saat itu Indonesia masih berbentuk negara serikat. Keberhasilan usulan Natsir tersebut telah meningkatkan simpati dan empati dari berbagai kalangan, termasuk Presiden Soekarno. Presiden Soekarno kemudian mengangkat Natsir ke dalam kabinetnya. Natsir berhasil membentuk kabinet tanpa PNI (Partai Nasional Indonesia) dan PKI (Partai Komunis Indonesia). Pemerintah Natsir diresmikan pada 6 September 1960. Kabinet Natsir merupakan kabinet pertama sesudah Indonesia kembali ke Negera Kesatuan Republik Indonesia. Oleh karena itu, pada masa awal demokrasi parlementer, peran Partai Masyumi dalam pemerintahan sangat besar. Pemerintahan Natsir tidak bertahan lama karena tekanan dari pihak oposisi.
B. Kabinet Sukiman
Selanjutnya presiden memilih Soekiman dari Partai Masyumi dan Joyosukarto dari Partai Nasional Indonesia sebagai formatur. Meskipun menghadapi segelintir kesusahan, akan tetapi pada akhirnya Soekiman dan Djojosukarto berhasil membuat kabinet aliansi antara Partai Masyumi dengan PNI dan beberapa partai kecil. Kabinet aliansi itu diketuai oleh Soekiman dan selanjutnya lebih diingat dengan nama Kabinet Soekiman. Kabinet Soekiman mempunyai rancangan tujuh pasal, dan di antaranya memiliki kesamaan dengan agenda dari kabinet Natsir, sekadar beberapa hal mendapati transformasi dalam rasio prerogatif. Akan tetapi, kabinet Soekiman mulai terpengaruh karena adanya perjanjian antara Menteri Luar Negeri Subandrio dan Duta Besar Amerika Serikat Merle Cohran mengenai pertolongan ekonomi dan tentara. Kabinet ini dilontarkan dakwaan menyalahgunakan prinsip politik luar negeri Indonesia yang bebas aktif, dan sesudah PNI dan Partai Masyumi mengambil kembali bantuannya sehingga kabinet Soekiman jatuh.
C. Kabinet Wilopo
Kekuasaan yang diketuai oleh Wilopo perwakilan Partai Nasional Indonesia dan Prawoto Mangkusasmito dari Partai Masyumi tak awet sebab terjadi selisih pandangan antar Partai Masyumi dengan PNI dalam menyelesaikan macam – macam persoalan, terutama cara memecahkan kasus Tanjung Morawa. Alhasil, Wilopo menyerahkan mandatnya di tanggal 2 Juni 1956.
D. Kabinet Ali Sastroamidjojo I
Kabinet Ali Sastroamijoyo I mulai melaksanakan tugasnya dalam kekuasaan politik pada tanggal 12 Agustus 1953. Dalam periode ini untuk pertama kali Partai Masyumi tidak ikut serta dalam kabinet, sebabnya meletakkan Partai Masyumi sebagai partai oposisi. Kekuasaan Partai Masyumi sebagai partai oposisi memperoleh serbuan dari Presiden Soekarno dengan menyalahkan beberapa orang penguasa politik yang telah melayani keperluan asing, serta sudah menjual bangsa dan negara dengan uang yang berjumlah banyak, dan berupaya dalam meruntuhkan kabinet. ditanya, Soekarno selalu tidak menuturkan siapa orang yang melakukannya, akan tetapi semua orang sudah mengetahui bahwa orang yang dimaksud adalah ketua partai oposisi yaitu Ketua Partai Masyumi.
E. Kabinet Burhanuddin Harahap
Burhanuddin Harahap merupakan perwakilan dari Partai Masyumi memegang kabinet pada tahun 1955-1956. Kabinet ini juga merangkul lembaga – lembaga politik lain untuk menempati kedudukan menteri – menteri, seperti Burhanuddin Harahap sendiri merangkap menjadi Menteri Pertahanan. Pada saat kabinet ini, Partai Masyumi membuktikan kinerja yang dapat disombongkan, sebab saat periode ini kabinet Burhanuddin Harahap dapat mengadakan Konferensi Asia Afrika di Kota Bandung dan mengadakan pemilu. Dengan itu kabinet Burhanuddin dianggap kabinet yang berjaya berasal dari partai Masyumi. Kabinet Burhanuddin Harahap jatuh pada tanggal 3 Maret 1956, pantas dengan tujuannya yaitu sesudah hasil pemilu disahkan. Pada tanggal 1 Maret ketua partai Masyumi membuat pemberitahuan yang menjelaskan bahwa waktunya sudah tiba bagi kabinet dalam mengembalikan mandat kepada kepala negara yaitu Soekarno.
F. Kabinet Ali Sastroamidjojo II
Pemerintah koalisi ini menghasilkan Perjanjian Roem – Royen dengan pemerintah Belanda, yang mana M. Dari pihak Roem Masyumi. Ternyata koalisi terakhir pemerintahan demokrasi parlementer, yang meliputi Partai Nasional Indonesia (PNI), Masyumi, Nahdlatul Ulama (NU), Parkindo, Katolik, Partai Syarikat Islam Indonesia (PSII), IPKI dan Perti, Presiden segera menghentikan mereka dengan mengeluarkan dekrit tahun 1959 pada tanggal 5 Juli. Dengan disahkannya dekrit tersebut, demokrasi parlementer berakhir. Pada masa-masa awal, penerapan demokrasi terpimpin menimbulkan perbedaangangguan daerah, termasuk gangguan daerah yang dikenal dengan PRRI di Sumatera Barat dan Permesta yang berasal dari Sulawesi Utara. Dalam perkembangannya, beberapa tokoh Masyumi dan PSI seperti Muhammad Nasir, Syarifudin Prawironegara, Sumitro Djojokusumo dll. bergabung dengan agitasi PRRI.Hingga Masyumi, yang tidak mampu lagi ragu-ragu, menarik menteri-menterinya dari kabinet pada 9 Januari 1957. Pernyataan partai kemudian mengatakan bahwa tindakan pemerintah tidak memberikan kepercayaan kepada Masyumi bahwa ia sedang menuju kesejahteraan rakyat dan negara. Pada akhirnya, Soekarno membubarkan dengan alasan yaitu karena keterkaitan penguasa partai dalam pemberontakan PRRI (Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia), Keputusan Presiden No. 200 tahun 1960 yang di umumkan pada tanggal 17 Agustus 1960, yang isinya Pemerintah membubarkan Partai Islam Masyumi.
G. Kabinet Juanda
Kabinet Juanda atau kabinet karya merupakan kabinet yang dibentuk tanpa melibatkan partai politik ke dalam pemerintahan. Kabinet ini resmi dilantik pada 9 April 1957 dan selesai menjabat pada 10 Juli 1959. Kabinet ini merupakan zaken kabinet adalah kabinet yang berisi orang – orang yang ahli dalam bidangnya. Sehingga Partai Masyumi tidak ikut serta dalam pemerintahan.
