Kabinet Ali Sastroamijoyo I mulai melaksanakan tugasnya dalam kekuasaan politik pada tanggal 12 Agustus 1953. Dalam periode ini untuk pertama kali Partai Masyumi tidak ikut serta dalam kabinet, sebabnya meletakkan Partai Masyumi sebagai partai oposisi. Kekuasaan Partai Masyumi sebagai partai oposisi memperoleh serbuan dari Presiden Soekarno dengan menyalahkan beberapa orang penguasa politik yang telah melayani keperluan asing, serta sudah menjual bangsa dan negara dengan uang yang berjumlah banyak, dan berupaya dalam meruntuhkan kabinet. ditanya, Soekarno selalu tidak menuturkan siapa orang yang melakukannya, akan tetapi semua orang sudah mengetahui bahwa orang yang dimaksud adalah ketua partai oposisi yaitu Ketua Partai Masyumi.
E. Kabinet Burhanuddin Harahap
Burhanuddin Harahap merupakan perwakilan dari Partai Masyumi memegang kabinet pada tahun 1955-1956. Kabinet ini juga merangkul lembaga – lembaga politik lain untuk menempati kedudukan menteri – menteri, seperti Burhanuddin Harahap sendiri merangkap menjadi Menteri Pertahanan. Pada saat kabinet ini, Partai Masyumi membuktikan kinerja yang dapat disombongkan, sebab saat periode ini kabinet Burhanuddin Harahap dapat mengadakan Konferensi Asia Afrika di Kota Bandung dan mengadakan pemilu. Dengan itu kabinet Burhanuddin dianggap kabinet yang berjaya berasal dari partai Masyumi. Kabinet Burhanuddin Harahap jatuh pada tanggal 3 Maret 1956, pantas dengan tujuannya yaitu sesudah hasil pemilu disahkan. Pada tanggal 1 Maret ketua partai Masyumi membuat pemberitahuan yang menjelaskan bahwa waktunya sudah tiba bagi kabinet dalam mengembalikan mandat kepada kepala negara yaitu Soekarno.
F. Kabinet Ali Sastroamidjojo II
Pemerintah koalisi ini menghasilkan Perjanjian Roem – Royen dengan pemerintah Belanda, yang mana M. Dari pihak Roem Masyumi. Ternyata koalisi terakhir pemerintahan demokrasi parlementer, yang meliputi Partai Nasional Indonesia (PNI), Masyumi, Nahdlatul Ulama (NU), Parkindo, Katolik, Partai Syarikat Islam Indonesia (PSII), IPKI dan Perti, Presiden segera menghentikan mereka dengan mengeluarkan dekrit tahun 1959 pada tanggal 5 Juli. Dengan disahkannya dekrit tersebut, demokrasi parlementer berakhir. Pada masa-masa awal, penerapan demokrasi terpimpin menimbulkan perbedaangangguan daerah, termasuk gangguan daerah yang dikenal dengan PRRI di Sumatera Barat dan Permesta yang berasal dari Sulawesi Utara. Dalam perkembangannya, beberapa tokoh Masyumi dan PSI seperti Muhammad Nasir, Syarifudin Prawironegara, Sumitro Djojokusumo dll. bergabung dengan agitasi PRRI.Hingga Masyumi, yang tidak mampu lagi ragu-ragu, menarik menteri-menterinya dari kabinet pada 9 Januari 1957. Pernyataan partai kemudian mengatakan bahwa tindakan pemerintah tidak memberikan kepercayaan kepada Masyumi bahwa ia sedang menuju kesejahteraan rakyat dan negara. Pada akhirnya, Soekarno membubarkan dengan alasan yaitu karena keterkaitan penguasa partai dalam pemberontakan PRRI (Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia), Keputusan Presiden No. 200 tahun 1960 yang di umumkan pada tanggal 17 Agustus 1960, yang isinya Pemerintah membubarkan Partai Islam Masyumi.
G. Kabinet Juanda
Kabinet Juanda atau kabinet karya merupakan kabinet yang dibentuk tanpa melibatkan partai politik ke dalam pemerintahan. Kabinet ini resmi dilantik pada 9 April 1957 dan selesai menjabat pada 10 Juli 1959. Kabinet ini merupakan zaken kabinet adalah kabinet yang berisi orang – orang yang ahli dalam bidangnya. Sehingga Partai Masyumi tidak ikut serta dalam pemerintahan.Â
