Meskipun dengan kondisi seperti itu, Pemerintah Kerajaan Jepang belum juga menyatakan untuk menyerah kepada pihak Sekutu di bawah pimpinan Negara Amerika Serikat. Hal itu membuat bom atom jenis plutonium (Fatman) pada tanggal 9 Agustus 1945 terpaksa harus dijatuhkan.
Dua pesawat, 1 jenis pesawat pengebom dan 1 jenis pesawat pengawal terbang dari Pulau Tinian pada pukul 02.49 pagi waktu Jepang dengan sasaran berikutnya adalah Kota Kokura di sebelah utara Kota Fukuoka di Pulau Kyushu.
Rencana awal pada bulan Juli 1945, empat kota yang akan menjadi target utama yang dijatuhi bom atom adalah Hiroshima, Kokura, Niigita dan Nagasaki.Â
Baca Juga: Dejima, Kenapa Jepang Tidak Pernah Dijajah Belanda
Namun apa daya, Kota Kokura dan Niigita tertutup oleh awan tebal yang diduga dampak dari pengeboman sebelumnya atau awan hujan Cumulus nimbus biasa.
Karena bahan bakar pesawat pembom "Bockscar" menipis, B-29 itu berputar untuk kembali ke pangkalan udara di Pulau Tinian dekat Okinawa. Saat pesawat tersebut terbang di atas Kota Nagasaki, ternyata kondisinya sama juga, yaitu tertutup awan tebal.
Begitu pesawat pembom itu memutuskan untuk kembali ke Pangkalan, tiba-tiba, awan gelap nampak terbuka dan hal itu membuat pilot bomber menjatuhkan bom atom 'Fatman' yang kedua ke Kota Nagasaki.
Akhirnya sejarah kelam pun tertulis. Pada pukul 11.02 pagi, kurang lebih  75 ribu penduduk Nagasaki langsung menjadi korban dan 75 ribu lainnya meninggal beberapa bulan setelahnya karena berbagai sebab yang salah satunya terpicu penyakit kanker karena sinar radiasi.
Kota Nagasaki hampir rata dengan tanah dan meninggalkan arang hitam sisa bangunan yang terbakar di semua penjuru kota.
