Sebagaimana dituliskan dalam buku "Greatest Raids Kisah-kisah Operasi Pembebasan sandera" karya Nino Oktorino (Elex Media: 2013) setelah serangkaian rapat, di hadapan petinggi pemerintah dan militer Israel, dengan tegas Mayor Jenderal Benny Peled, Panglima Angkatan Udara Israel saat itu menyatakan bahwa Israel memiliki kemampuan untuk mengirimkan 1,200 prajurit dan perlengkapan ke Entebbe jika memang diperlukan.
Operasi Militer akhirnya disetujui untuk dilakukan dengan sejumlah pasukan Komando.
Operasi berani pembebasan sandera telah dirancang di Israel dan akan dipimpin langsung oleh Brigadir Jenderal Dan Shomron dan komandan tim penyerbu di lapangan dipimpin oleh komandan Pasukan Komando Sayeret Matkal, Letnan Kolonel Yonathan "Yoni" Netanyahu saudara kandung Perdana Menteri Israel Benyamin Netanyahu saat ini.
Pada tanggal 3 Juli 1976 tiga pesawat angkut militer C-130 Hercules mengudara menuju Uganda. Pesawat- pesawat tersebut membawa pasukan komando Israel dan kendaraan yang akan mendukung operasi tersebut termasuk sebuah Mercedes Benz hitam seperti milik Idi Amin yang akan digunakan untuk mengelabuhi para pasukan Uganda.
Cetak biru bandara Entebbe Uganda juga sudah didapat karena kontraktor Israel pernah terlibat dalam renovasi bandara ini.
Kepiawaian pilot-pilot Israel telah terlihat sejak awal misi ketika mereka harus terbang rendah untuk menghindari radar dan melakukan sejumlah manuver untuk tidak menarik perhatian sehingga unsur pendadakan tetap terjaga, mengingat tidak semua negara tetangga Israel bersedia ruang udaranya dilalui oleh pesawat Israel.
Pada tanggal 3 Juli 1976 menjelang tengah malam Hercules pertama mendarat di Bandara Entebbe dengan mematikan lampu. Mesin pesawat segera dimatikan agar tidak mengundang perhatian, dan menurut sejumlah informasi, pasukan Israel sudah berlompatan keluar sebelum pesawat Hercules benar-benar berhenti di landasan, mereka segera memasang lampu-lampu pendaratan darurat di landasan untuk memandu tibanya Hercules berikutnya.
Untuk mengelabuhi pasukan Uganda, pasukan Israel menggunakan Mercedes Benz hitam yang identik dengan milik Diktator Idi Amin, pimpinan Uganda saat itu, sehingga pasukan Uganda akan mengira Idi Amin sedang berkunjung.
Mercedes Benz hitam yang berisi pasukan komando Israel dengan dikawal 2 mobil Land Rover bergerak menuju bangunan tempat sandera ditawan.
Saat mendekati sasaran mobil dihentikan seorang prajurit Uganda yang langsung ditembak dengan senjata berperedam, namun sebelum tewas prajurit Uganda tersebut masih sempat menembakkan senjata AK-47nya yang menyebabkan unsur pendadakan menjadi hilang karena para pasukan Uganda mulai menyadari telah terjadi sesuatu.
Letkol Yonathan Netanyahu beserta anak buahnya segera menyerbu gedung tempat para sandera ditahan untuk membebaskan mereka. Unit-unit pasukan komando Israel lainnya juga segera mendatangi gedung tempat sandera ditahan sambil meneriakkan kata-kata dalam bahasa Ibrani agar para sandera bertiarap dan sadar bahwa tim pasukan penyelamat telah datang.
