Padahal peristiwa itu diakui terjadi secara masal dan dilakukan ditengah keramaian massa. Selain adanya pengakuan korban kepada para relawan, peristiwa perkosaan masal ternyata bukanlah yang pertama kali terjadi. Peristiwa yang hampir sama menimpa perempuan di Aceh (1976-2005) dan Timor Leste (1976-1999) (Anggraini,hlm166-17).
Posisi pemerintah terhadap perkosaan massal diwakili oleh Menhankam/Pangab Jenderal TNI Wiranto yang mengaku sudah mengunjungi beberapa rumah sakit termasuk di Penang. Namun korban perkosaan tidak ditemukan sehingga ia berkesimpulan tidak terjadi perkosaan di tengah kerusuhan (Anggraini, hlm xvi).Â
Aparat pemerintah yang juga tidak mempercayai telah terjadi perkosaan masal adalah Menteri Negara Urusan Peranan Wanita melalui sikap diamnya. Kondisi ini disikapi Melani Budianta dengan membuat dengan surat terbuka berjudul "Saya Kapok Jadi Wanita' yang dimuat surat kabar Media Indonesia (hlm 78).
Meskipun peristiwa perkosaan massal tersebut terus dipertanyakan berbagai pihak namun upaya meyakinkan pihak penguasa akhirnya berbuah manis dengan munculnya surat presiden yang mengutuk  peristiwa tragedi nasional tersebut. Surat itu dibacakan Presiden Habibie dan ditayangkan langsung televisi-televisi nasional tanggal 15 Juli 1998. Lengkapnya isi surat tersebut adalah:
Assalamu alaikum Warahmatullahi Wabarakatuh
Setelah saya mendengar laporan dari Ibu-ibu tokoh Masyarakat Anti Kekerasan terhadap Perempuan, dengan bukti-bukti yang nyata dan otentik, mengenai kekerasan terhadap perempuan dalam bentuk apapun juga di bumi Indonesia pada umumnya dan khususnya yang terjadi pada pertengahan bulan Mei 1998, mengatakan penyesalan yang mendalam terhadap terjadinya kekerasan tersebut yang tidak sesuai dengan nilai-nilai budaya bangsa Indonesia.
Untuk hal itu, saya menyatakan bahwa pemerintah akan proaktif memberikan perlindungan dan keamanan kepada seluruh lapisan masyarakat untuk menghindari terulangnya kembali kejadian yang sangat tidak manusiawi tersebut dalam sejarah bangsa Indonesia.
Saya harapkan kerjasama dengan seluruh lapisan masyarakat untuk meningkatkan kewaspadaan dan melaporkan segera aparat pemerintah jikalau melihat ada kecenderungan ke arah kekerasan terhadap perempuan dalam bentuk apapun juga dan di manapun juga.
Oleh karena itu, saya atas nama pemerintah dan seluruh bangsa Indonesia, mengutuk berbagai aksi kekerasan pada peristwa kerusuhan di berbagai tempat secara bersamaan, termasuk kekerasan terhadap perempuan.
Assalamu alaikum Warahmatulah Wabarakatuh
Jakarta, 15 Juli 1998
