Keinginan Pangeran Jepara ini dimentahkan oleh koalisi Kadhi, Senapati Pontang, Dipati Jayanegara, Ki Waduaji dan Ki Wijamanggala yang membentuk lembaga Wali Raja. Perang pun terjadi di luar tembok benteng Keraton. Wali Raja memenangkan peperangan ini. Pangeran Jepara mundur kembali ke Jepara.
Awal Batavia
Walau pun peperangan yang dimaksud dalam naskah Mertasinga itu tidak tepat, namun berdirinya pos dagang Belanda (VOC) di Jayakarta (1610) memang di era Pangeran Ratu jadi Raja Banten; belum jadi sultan. Lebih tepatnya di era Wali Raja Pangeran Ranamanggala (1609-1624). Karena Pangeran Ratu masih kecil. Saat diangkat jadi raja Banten(1596), Pangeran Ratu masih berumur bulanan (bayi).
Pos dagang VOC berupa bangunan kayu berpondasi batu ini, tahun 1911 dikembangkan pergudangan dan pemukiman. Kapten Morgel (Pieter Both) menyewa lahan 1,5 hektar ke Pangeran Jayakarta.
Ketika Jan P Coen diangkat jadi Gubernur Hindia Belanda di tahun 1618, Wali Raja Pangeran Ranamanggala sedang melancarkan pelarangan dagang lada di Banten. Maka pos dagang VOC di Jayakarta menjadi tumpuan utama pedagang-pedagang China untuk menjual lada.
Kapten Morgel Jangkung pun melancarkan strategi: Menghentikan pembelian lada dari Banten dan mengancam memindahkan pabrik-pabrik VOC di Banten. Para pedagang China panik, sehingga mau menerima penjualan lada dengan harga 50% saja.
Dampak tindakan Kapten Morgel ini tentu merugikan perdagangan Inggris. Maka kapal-kapal Banten dan Inggris bersepakat menyerang kapal-kapal China yang menuju Jayakarta. Kapten Morgel memandang hal ini sebagai tindakan awal Inggris mengusir VOC di Jawa. Maka Kapten Morgel pun memerintahkan secara diam-diam mengubah pos dagang menjadi benteng batu. Lalu menyerang benteng pertahanan Jayakarta dan menghancurkan pos dagang Inggris di dekatnya.
Hal ini diketahui Pangeran Jayakarta yang kemudian meminta bantuan Inggris untuk membantu menghancurkan benteng VOC di Jayakarta. 11 Kapal Inggris memblokade Teluk Jayakarta. Dilawan 7 kapal VOC. Pertempuran terjadi selama 3 jam. VOC kalah dan Kapten Morgel mundur ke Maluku, pusat kegiatan VOC.
Di darat, ribuan pasukan gabungan Jayakarta dan Inggris mengepung benteng VOC yang dijaga hanya sekitar 100 orang. Kemenangan pasukan gabungan ini sudah di depan mata. Tiba-tiba pasukan Banten datang. Jumlahnya berlipat kali pasukan gabungan. Bukannya membantu menghancurkan benteng VOC, pasukan Banten malah menyatakan Jayakarta sebagai daerah kekuasaannya.
Benteng VOC pun selamat dari kehancuran. Raja Jayakarta dicopot dari jabatannya dan pasukan Inggris mundur kebingungan.
28 Mei 1619, Kapten Morgel Jangkung kembali dari Maluku ke benteng VOC di Jayakarta; Batavia. 2 hari kemudian dengan 1.000 pasukan menaklukan Jayakarta. Korbannya hanya 1 tentara tewas. Jayakarta pun jatuh ke dalam kekuasaan VOC.
