Raja pertama dari Kerajaan Mataram adalah Ki Ageng Pamanahan. Beliau merupakan pendiri Desa Mataram yang menjadi cikal bakal Kerajaan Mataram di tahun 1556. Desa Mataram ini awalnya berupa hutan yang bernama Alas Mentaok kemudian dijadikan pemukiman penduduk. Di tahun 1584 Ki Ageng Pamanahan menghembuskan napas terakhirnya dan dimakamkan di kawasan Kotagede.
- RM. Rangsang [Sultan Agung] (1613-1645)
Sepeninggal Panembahan Anyakrawati, kekuasaan diteruskan ke putra Raden Mas Jolang, yakni Raden Mas Rangsang. Beliau memerintah mulai 1613 sampai 1645. RM. Rangsang lebih dikenal sebagai Sultan Agung, raja terbesar di Kerajaan Mataram. Pada masa pemerintahannya, Kerajaan Mataram mencapai kejayaannya bahkan menguasai hampir seluruh wilayah Tanah Jawa. Sultan Agung tak hanya melakukan penaklukan wilayah, tapi juga gigih melawan VOC. Beliau wafat di tahun 1645 dan dimakamkan di Imogiri. Di masa pemerintahannya, kerajaan Islam ini berkembang pesat sebagai Kerajaan Agraris bukan sebagai Kerajaan Maritim.
- Amangkurat II (1677-1703)
Amangkurat II merupakan pendiri Kasunanan Kartasura yang menjadi kelanjutan Kesultanan Mataram. Amangkurat II memerintah mulai tahun 1677 - 1703. Raden Mas Rahmat sering disebut juga sebagai Sunan Amral (Admiral) karena menjadi raja Jawa yang pertama kali menggunakan pakaian dinas berupa pakaian Eropa.
Kesultanan Mataram Islam mempunyai sebuah kapal perang yang dinamakan Batavia, yaitu sebuah kapal perang yang besarnya menyaingi kapal perangnya Belanda. Kapal ini diciptakan oleh Sultan Agung, dan kapal ini disenjatai bahan peledak dan panah api yang bahannya didapat dari dalam negeri.
Kerajaan Mataram Islam berada di pedalaman tanah Jawa, sehingga kondisi perekonomian waktu itu banyak mengandalkan sektor pertanian sebagai sumber utamanya. Basis utama pertanian tersebut berada di Jawa bagian tengah dengan komoditas utamanya yang berupa beras. Dan pada abad ke-17, Kerajaan Mataram mampu menjadi pengeskpor beras terbesar yang ada di Nusantara. Selain betumpu pada sektor pertanian, Kerajaan Mataram Islam juga sukses dalam sektor perdagangan dengan komoditas utama berupa palawija dan juga beras.
Berbeda dengan kerajaan islam lainnya yang memiliki corak maritim, Kerajaan Mataram Islam lebih kepada corak agraris yang memiliki ciri feodal. Pada kehidupan budaya di dalam Kerajaan Mataram Islam berkembang pesat dalam bidang seni yang berupa seni sastra ataupun seni ukir, Lukis, dan bangunan.
Kelemahan dari Kesultanan Maritim Islam adalah tidak ada pembentukan pemimpin baru, dan terjadinya perang saudara didalam kerajaan. Perangnya dinamakan Perang Paregreg, perang ini berskala besar dan benar benar berdampak negatif terhadap kekuatan kerajaan.
Kerajaan Mataram mengalami masa kejayaan di bawah pemerintahan Raden Mas Rangsang atau sultan Agung. Pada masa pemerintahannya, ia memindahkan lokasi keraton ke Karta (Jawa. Kerta sehingga disebut Mataram Karta). Pemerintahannya mencakup wilayah Pulau Jawa dan Madura kecuali Batavia. Pada saat itu, wilayah Batavia dikuasai oleh pihak VOC (Vereenigde Oost Indische Compagnie ) Belanda. Sehingga, kekuatan militer kerajaan mataram membesar karena memiliki rasa anti kolonialisme. Karena sering mengalami gesekan dalam penguasaan perdagangan dengan VOC di Batavia, Kerajaan Mataram kemudian berkoalisi dengan Kesultanan Banten dan Kesultanan Cirebon untuk melawan VOC.
