3. Secara etis sangat kontroversial.
Stem Cell pada umbilical cord blood stem cell:
1. Kemungkinan terkena penyakit genetik. Ada beberapa penyakit genetik yang tidak terdeteksi saat lahir sehingga diperlukan follow up setelah donor beranjak dewasa.
2. Jumlah stem cell relatif terbatas sehingga ada ketidaksesuaian antara jumlah stem cell yang diperlukan resipien dengan yang tersedia dari donor, karena jumlah sel yang dibutuhkan berbanding lurus dengan usia, berat badan dan status penyakit.
Stem Cell pada adult stem cell:
1. Â Jumlahnya sedikit, sangat jarang ditemukan pada jaringan matur sehingga sulit mendapatkan adult stem cell dalam jumlah banyak.
2. Masa hidupnya tidak selama embryonic stem cell.
3. Bersifat multipoten, sehingga diferensiasi tidak seluas.
Berikut adalah contoh pengaplikasian stem cell atau sel punca
- Terapi Gen .
- Terapi gen dilakukan dengan cara manipulasi pada stem cells, yaitu dengan , mentransplantasikannya ke organ tubuh untuk menangani penyakit-penyakit tertentu tanpa mengganggu organ tubuh. Karena sifatnya yang mampu berdiferensiasi menjadi sel apapun juga mampu meregenerasi dirinya sendiri.
- Penelitian untuk mempelajari proses biologis yang terjadi pada organisme.
- Pertumbuhan dan perkembangan organisme
- Pertumbuhan dan perkembangan kanker
- Penelitian untuk menemukan dan mengembangkan  obat-obat baru untuk mengetahui efek obat terhadap berbagai jaringan.
Jenis jenis transpaltasi sel punca antara lain adalah
- Transplantasi sel induk darah tali pusat.
- Transplantasi sel punca dari sumsum tulang (bone marrow transplantation).
- Transplantasi sel punca darah tepi (peripheral blood stem cell transplantation).
Terapi sel punca untuk jatung, dengan tujuan untuk memperbaiki dan meregenerasi jaringan jantung yang rusak. Maka secara tidak langsung kita tidak lagi perlu mengganti jantung tapi kita menciptakan jaringan otot yang baru, yang  lebih sehat. Sel punca dapat mengalami diferensiasi menjadi kardiomiosit dan mampu memperbarui fungsi kontraksi jantung. Sel tersebut juga dapat mengembalikan sebagian sel otot jantung yang rusak, dan mampu memacu pembentukan pembuluh darah baru (angiogenesis)
- Mekanisme lain terapi sel punca adalah melalui efek parakrin. Sel punca akan melepas substansi aktif biologis sebagai respon terhadap rangsangan lingkungan luar yang spesifik seperti iskemia (semacam kemampuan untuk menyesuaikan diri). Faktor tersebut menyebabkan suatu perlindungan, perbaikan dan pembentukan jaringan. Tujuan utama dari terapi sel induk jantung adalah untuk transplantasi sel yang cukup pada tempat cedera untukmemaksimalkan pemulihan fungsi jantung. Sel berbasis perbaikan jantung yaitu sel yang digunakan untuk memperbaiki atau mengganti sel yang rusak.
