Pesantren sebagai Sub Culture Islam Nusantara

Ketiga : periode pada penjajahan Jepang

Awal mula jepang menguasai Indonesia pada tahun 1942. Setelah menundukkan pemerintah Hindia-belanda dalam perang dunia ke-2. Jepang masuk ke Indonesia dengan membawa semboyan Asia Timur raya untuk Asia dan semboyan Asia baru. 

Untuk pertama kalinya sikap penjajah Jepang tidak menunjukkan tanda-tanda kesadisannya terhadap bangsa Indonesia, bahkan penjajah Jepang mendukung Indonesia untuk mendirikan sebuah pesantren. Pemerintah Jepang seolah-olah membela dan menguntungkan kepentingan Islam dan pesantren. Namun pada perjalanannya yang dilakukan oleh Jepang hanya sebuah kamuflase belakang. 

Sikap dan kepeduliannya atau keberpihakannya terhadap Islam ternyata hanya siasat strategi muslihat untuk memanfaatkan kekuatan Islam dan nasionalis yang dimiliki oleh bangsa Indonesia sendiri. Oleh sebab itu pada akhirnya Jepang berusaha untuk menarik simpati dari kalangan Islam dengan membuat dan menerapkan kebijakan-kebijakan baru. Kebijakan-kebijakan yaitu antara lain:

1. Menarik simpati Islam dengan membuka kantor urusan agama.

2. Pada para pembesar- pembesar Jepang sering  berkunjung dan tidak segan-segan untuk membantu pondok pesantren yang besar.

3. Pemerintahan Jepang juga memasukkan pelajaran Budi pekerti yang isinya identik dengan ajaran agama pada sekolah negeri.

4. Pemerintahan Jepang juga memberikan izin kepada umat Islam untuk meneruskan organisasi persatuan yang disebut majelis Islam ala Indonesia atau disingkat MIAI yang bersifat kemasyarakatan. Upaya dan kebijakan pemerintah Jepang seolah berpihak kepada rakyat Indonesia, khususnya kalangan Islam dan dunia pesantren. Namun paling tidak kebijakan-kebijakan Jepang dapat memberikan ruang gerak Indonesia dalam mengembangkan pesantren dan pendidikan madrasah. 

Hal ini tidak bertahan lama setelah mendapatkan tekanan dari pihak sekutu karena ingin menguasai Indonesia justru Jepang berubah drastis. Jepang berubah menjadi semena-mena dan lebih kejam. Segala bentuk kegiatan pembelajaran sekolah diberhentikan pada masa pemerintahan Jepang. Sekolah-sekolah  di ubah dengan kegiatan baris-berbaris serta latihan perang untuk membantu Jepang.

Keempat : perkembangan pondok pesantren pasca kemerdekaan

Setelah Indonesia merdeka dari penjajahan Belanda dan Jepang, pemimpin bangsa Indonesia memulihkan kembali dan berusaha mengembangkan pendidikan di Indonesia.