Merupakan tempat tinggal kiai bersama para santrinya. Adanya pondok sebagai tempat tinggal bersama antara kiai dengan para santrinya dan bekerja sama untuk memenuhi kebutuhan hidup sehari-hari, merupakan pembeda dengan lembaga pendidikan lainnya. pemondokan atau asrama, dan setiap santri dikenakan sewa atau iuran untuk pemeliharaan pondok tersebut.
Masjid
Dalam konteks ini, masjid adalah sebagai pusat kegiatan ibadah dan belajar mengajar. Masjid yang merupakan unsur pokok kedua dari pesantren, disamping berfungsi sebagai tempat melakukan shalat berjamaah setiap waktu shalat, juga berfungsi sebagai tempat belajar mengajar. Biasanya waktu belajar mengajar berkaitan dengan waktu shalat berjamaah, baik sebelum maupun sesudahnya.
Santri
Santri merupakan unsur pokok dari suatu pesantren, tentang santri ini biasanya terdiri dari dua kelompok :
Santri mukim; ialah santri yang berasal dari daerah yang jauh dan menetap dalam pondok pesantren.
Santri kalong; ialah santri-santri yang berasal dari daerah-daerah sekitar pesantren dan biasanya mereka tidak menetap dalam pesantren. Mereka pulang ke rumah masing-masing setiap selesai mengikuti suatu pelajaran di pesantren.
Kiai
Adanya kiai dalam pesantren merupakan hal yang mutlak bagi sebuah pesantren, sebab dia adalah tokoh sentral yang memberikan pengajaran, karena kiai menjadi salah satu unsur yang paling dominan dalam kehidupan suatu pesantren. Gelar kiai biasanya diberikan oleh masyarakat kepada orang yang mempunyai ilmu pengetahuan mendalam tentang agama Islam dan memiliki serta memimpin pondok pesantren, serta mengajarkan kitab-kitab klasik kepada para santri.
Sistem Pendidikan dan Pengajaran Pesantren
Pola pendidikan dan pengajaran di pondok pesantren erat kaitannya dengan tipologi pondok pesantren sebagaimana yang dituangkan dalam ciri-ciri (karakteristik) pondok pesantren yang diutarakan terdahulu. Berangkat dari pemikiran dan kondisi pondok pesantren yang ada, maka ada beberapa metode pembelajaran pondok pesantren :
