Di samping harus dibaca sebagai tadarus, juga harus dipahami, dihayati, dan direnungkan maknanya, baik makna yang tekstual maupun kontekstual, sehingga isi kandungannya dapat diaplikasikan dalam kehidupan nyata sehari-hari. Tidaklah mudah menangkap nilai moral atau jiwa Al-Quran. Diperlukan suatu upaya keras untuk menangkap pesan-pesan Allah SWT yang lebih luas dari ayat-ayat di dalam Al-Quran. Jika kemampuan bahasa dan ilmu tafsir kita terbatas, kita perlu bantuan dari berbagai  sumber baik para ahli maupun rujukan yang sudah ditulis  ilmuwan atau ulama muslim. Yang perlu ditumbuhkan secara masif adalah pemahaman bahwa Al-Quran jauh lebih luas kandungan isinya dan memberikan kita bahan untuk menyelami alam semesta ini.
Sains atau ilmu pengetahuan alam dan semesta kurang mendapatkan perhatian dari kita. Di dalam terminologi Al-Quran, pesan pesan itu ada di dalam ayat-ayat Kauniyah atau biasa disebut al-ayat al-kauniyah. Ketika Al-Quran diturunkan memang terkesan hanya untuk memberikan koreksi atas tindakan penyembahan kepada selain Allah SWT. Koreksi terhadap model penghambaan manusia terhadap berhala dan juga terhadap pandangan merendahkan manusia dalam bentuk perbudakan.
Padahal jika direnungkan, Surat Al-Quran yang diturunkan pertama kali adalah Al-Alaq ayat 1 s.d. 5 yang menggugah manusia tentang dorongan untuk belajar, ‘bacalah atas nama Tuhanmu yang menciptakan. Yang menciptakan manusia dari segumpal darah. Bacalah dan Tuhanmulah yang maha mulia. Dia yang mengajarkan manusia dengan pena. Yang mengajarkan manusia apa yang dia tidak tahu’. Makna Iqro di dalam ayat ini adalah bacalah, mengertilah, pahamilah, cerdaslah, berpikir majulah dan lihatlah ke depan. Untuk meraih pengertian dan pemahaman tentu adalah dengan belajar. Sementara makna pena atau kalam pada ayat 4, menunjuk pada peradaban baca tulis, artinya rekaman, pencatatan, tulisan. Tulisan baik berbentuk analog, manual maupun digital adalah suatu bentuk lanjutan dari suatu pembelajaran. Secara lebih filosofis, pena juga bermakna gejala, fenomena, keadaan, situasi yang menjadi bahan pembelajaran. Jika kita renungkan dengan dalam, Al-Quran diturunkan kepada manusia melalui Muhammad SAW dimaksudkan agar ummat manusia mau belajar dan mempelajari ilmu semesta alam ini, yaitu sains.
Ajaran-ajarannya tidak hanya terbatas pada bidang-bidang ritual keagamaan semata, tetapi juga menyangkut masalah-masalah politik, ekonomi, sosial, dan disiplin ilmu lainnya, yang termasuk di dalamnya adalah masalah-masalah ilmu pengetahuan modern dan teknologi. Al-Quran mengungkapkan berbagai disiplin ilmu, berupa isyarat sepintas ataupun yang memberikan informasi teknis yang tidak mudah dipahami, jika tidak melibatkan rujukan dari tulisan ilmuwan Islam terdahulu, yang menulis berbagai bidang ilmu, berdasarkan Al-Quran sebagai rujukan utama.
Sampai ketemu lagi di bagian 2 yang akan memberikan contoh lebih banyak tentang Al-Quran yang membangun semangat ekplorasi alam semesta. Salam