Salah satu kejahatan besar dalam Perang Bosnia-Serbia adalah ethnic cleansing yang dilakukan pihak Serbia terhadap Bosniak. Milosevic melakukan propaganda terhadap etnis Serbia di Bosnia melalui Radovan Karadzic agar mereka turut serta dalam mewujudkan cita-cita pembentukan Serbia Raya dari sisa-sisa Yugoslavia. Negara-negara tersebut terdiri dari Serbia dan Montenegro yang memproklamirkan diri sebagai federasi Yugoslavia baru pada tanggal 27 April 1992, kemudian ditambah beberapa wilayah melalui aneksasi dari sebagian kroasia dan Bosnia yang dihuni oleh etnis Serbia.
Dalam pengertiannya, ethnic cleansing adalah salah satu bentuk diskriminasi etnik yang dilakukan memlalui kegiatan untuk menyingkirkan etnik tertentu secara terencana atau tidak terencana, agar etnik tersebut tidak tampil atau tidak berperan sebagai pesaing atau penghalang. Beberapa bentuk praktik pembersihan adalah memisahkan etnik tertentu melalui pemukiman (segregasi), segregasi jenis pekerjaan atau jabatan tertentu, hingga pembunuhan etnik tertentu.
Pembersihan etnik Bosniak diawali dengan pengepungan desa tertentu kemudian menutup akses keluar dan masuk wilayah ini. Seluruh penghuni desa tersebut diminta keluar lalu dikumpulkan kemudian militer Serbia melucuti senjata mereka. Kaum wanita dan anak-anak dipisahkan dari laki-laki. Kaum laki-laki ini digiring untuk dijejalkan ke dalam kamp konsentrasi yang telah disiapkan oleh militan Serbia.Â
Sebagian besar kamp konsentrasi mulai beroperasi sejak perang dimulai, yaitu sekitar Juni 1992. Sebanyak 170 kamp ditemukan di seluruh Bosnia. Kamp konsentrasi ini semula merupakan rumah-rumah penduduk, gedung-gedung pertemua dan gudang pertanian yang diahlifungsikan. Dua kamp terbesar tempat menahan korban-korban ini yaitu kamp Omarska dan kamp Trnopolje.
Berbeda dengan laki-laki Bosniak, dalam perang ini pemerkosaan dijadikan salah satu strategi perang terhadap wanita Bosniak. War rape masuk ke dalam konvensi genosida karena mempunyai tujuan untuk mengacaukan dan mencegah kelahiran suatu etnik. Di Bosnia, yang menjadi target pemerkosaan tentara Serbia adalah para perempuan etnik Bosniak.Â
Hal ini bertujuan untuk menghilangkan etnik Bosniak karena budaya di daerah Balkan pada saat itu jika perempuan dan laki-laki dari etnis berbeda mempunya seorang anak, anak tersebut akan mendapatkan etnis dari sang bapak, itu berarti anak-anak yang lahir dari pemerkosaan ini adalah anak-anak beretnik Serbia. Hal ini memainkan peranan penting dalam pemerkosaan yang berubah menjadi senjata perang untuk melawan etnik Bosniak. Menurut para saksi, pemerkosaan menjadi strategi perang Serbia yang sangat enting dan diatur secara sistematis.
Kamp yang digunakan perempuan Bosniak berbeda dengan laki-laki. Kamp perempuan disebut juga rape camps, rape camps ini beberapa terdapat di kota Brcko, Dboj, Foca, Gorazde, Kalinobik, Vesegrad, Keatern, Luka, Manjaca, Osmarka dan Tronopolje. Diperkirakan 25.000 sampai 50.000 wanita secara sistematis diperkosa selama Perang Bosnia-Serbia dan dilaporkan 20.000 dari perempuan tersebut hamil serta lebih dari 5.000 bayi ditinggalkan di lereng bukit atau dibunuh setelah lahir. Bayi-bayi ini banyak dibunuh dan dibuang karena wanita Bosniak yang melahirkannya merasa bahwa mereka adalah suatu aib dan tidak akan diterima di lingkungan mereka.
Penyelesaian Perang Bosnia-Serbia memang memakan waktu yang lama. Perjanjian-perjanjian yang dibuat sebelumnya beberapa tidak disetujui oleh sebagian pihak dan pada akhirnya tidak pernah dijalankan, beberapa sudah disepakati namun terdapat pelanggaran yang dilakukan sehingga memicu perang kembali terjadi. Perjanjian-perjanjian yang sudah dibuat seperti Rencana Vance-Owen, Owen-Stoltenberg, Kelompok Penghubung dan yang terakhir Perjanjian Dayton.
Setelah perang selesai, beberapa petinggi-petinggi Serbia banyak yang ditangkap dan diadili di Pengadilan Internasional salah satunya Slobodon Milosevic dan Radovan Karadzic. Pada tahun 2006, Milosevic sedang menjalani proses pengadilan dengan dakwaan sebagai penjahat perang di Mahkamah Kejahatan Perang, Den Haag, setelah akhirnya ditemukan meninggal di dalam sel tahanannya.Â