BKKBN sebagai lembaga pemerintah non kementerian, memegang peranan penting dalam proses penyelenggaraan kegiatan pemerintahan khususnya terkait dengan perkembangan pendudukan dan pembangunan keluarga. Perkembangan BKKBN sebagai lembaga pemerintah, bukan berarti tanpa menghadapi tantangan. Berkembangnya konsep pemerintahan secara global memberikan konsekuensi  atau dampak pada perubahan model dan tatanan kelembagaan pemerintahan saat ini. Reformasi birokrasi menuntut adanya perubahan tatanan kelembagaan, termasuk pada kelembagaan BKKBN.
Sejak dibentuknya Undang-Undang Nomor 52 Tahun 2009 tentang Pengembangan Kependudukan dan Pembangunan Keluarga dan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor 62 Tahun 2010, maka Badan Koordinasi Keluarga Berencana Nasional berubah menjadi Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional. Selanjutnya pengaturan kelembagaan BKKBN diatur dalam Perpres Nomor 3 Tahun 2013 dan Perpres Nomor 4 Tahun 2014. Dalam Peraturan Presiden Nomor 3 Tahun 2013 mengatur bahwa BKKBN berkedudukan dan bertanggung jawab kepada Presiden melalui Menteri Kesehatan.
Berdasarkan Undang-Undang Nomor 52 Tahun 2009, tugas dan tanggung jawab BKKBN tidak hanya pada pelayanan klinik keluarga berencana dan kesejahteraan keluarga, namun telah diperluas dengan tugas penyusunan kebijakan dan strategi pengendalian penduduk, keluarga berencana dan pembinaan kesejahteraan keluarga dan mengatur kelembagaan di Daerah dalam bentuk BKKBD (Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Daerah). Undang-Undang Nomor 52 Tahun 2009 telah menempatkan BKKBN menjadi lembaga yang tidak hanya melakukan koodinasi dengan berbagai kementeria/LPNK termasuk dengan organisasi kemasyarakatan, namun juga ikut serta menjadi pelaksana dari berbagai Undang-Undang sektoral.
Penataan organisasi merupakan upaya yang dinamis untuk menyesuaikan ukuran dan model organisasi dalam rangka mencapai tujuan dan misi organisasi yang dipengaruhi oleh lingkungan strategis. Perpres Nomor 3 Tahun 2013 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi, dan Tata Kerja Lembaga Pemerintah Non Kementerian mengatur kedudukan Kantor Perwakilan BKKBN yang ada pada Provinsi dengan klausul yang menjelaskan bahwa kedudukan Kantor Perwakilan BKKBN Provinsi masih tetap melaksanakan tugasnya sampai dengan terbentuknya Dinas yang membidangi pengendalian penduduk dan keluarga berencana (Dalduk KB) provinsi. Saat ini, semua daerah telah membentuk dinas yang melaksanakan urusan pemerintahan bidang Dalduk KB sesuai UU Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemda, PP Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan Perka BKKBN Nomor 163 Tahun 2016 tentang pedoman nomenklatur, tugas dan fungsi dinas pengendalian penduduk dan keluarga berencana di daerah provinsi, dan daerah kabupaten/kota, maka berdasarkan amanat Pasal 117 A Perpres Nomor 3 Tahun 2013 Kantor Perwakilan BKKBN Provinsi seharusnya tidak melaksanakan tugas lagi.
Selain itu, sejalan dengan perubahan dalam pembagian kewenangan dalam Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah lampiran huruf N, terdapat beberapa kewenangan operasional di lapangan yang menjadi kewenangan pemerintah pusat. Pelaksanaan kewenangan yang bersifat operasional dan lokasinya menyebar di seluruh Indonesia memerlukan unit kerja yang menangani kewenangan tersebut di lapangan. Tugas BKKBN yang demikian itu menghendaki adanya peninjauan kembali kedudukan BKKBN agar mampu mengemban tugas dan misi pemerintahan negara bidang pengendalian penduduk, keluarga berencana dan kesejahteraan keluarga secara efektif dalam pembangunan keluarga, kependudukan dan keluarga berencana (Bangga Kencana).
Selain permasalahan kedudukan Kantor Perwakilan, BKKBN juga wajib melaksanakan visi dan misi Presiden. Dalam rangka mencapai tujuan dan sasaran strategis tersebut di atas, BKKBN telah merumuskan kerangka kelembagaan dalam Renstra 2020-2024. Namun, Kerangka kelembagaan yang dirumuskan dalam Renstra BKKBN 2020-2024 tersebut masih memerlukan operasionalisasi yang lebih konkrit agar terwujud dalam bentuk tindakan kebijakan (policy action). Berbagai model dan pola kelembagaan dapat dipilih dalam mengoperasionalkan kerangka kelembagaan yang sudah ditetapkan di dalam Rensra BKKBN tersebut. Organisasi BKKBN harus dirancang secara tepat baik model kelembagaan maupun desain strukturnya agar selaras dengan karakteristik tugas dan lingkungan strategis BKKBN.
Dalam merancang desain struktur organisasi BKKBN harus memperhatikan fleksibelitas, ketepatan ukuran, keseimbangan beban kerja, pembagian habis tugas dan efektifitas dalam mencapai tujuan. Unit organisasi hanya dibentuk jika terdapat keluaran (output) dan manfaat (outcome) yang dibutuhkan oleh organisasi dalam rangka mencapai sasaran strategis dan tujuan BKKBN.
Posisi Kantor Perwakilan BKKBN dan OPD Dalduk KB Provinsi Saat ini
Kantor Perwakilan BKKBN Provinsi di Indonesia Terdiri dari 2 (dua) tipologi berdasarkan Peraturan Kepala BKKBN Nomor 82/PER/B5/2011 yaitu :
- Perwakilan BKKBN Provinsi Tipe A
- Perwakilan BKKBN Provinsi Tipe B
Perwakilan BKKBN Provinsi Tipe A berjumlah 29 (dua puluh Sembilan) Provinsi seddangkan Perwakilan BKKBN Provinsi Tipe B berjumlah 3 (tiga) Provinsi. Terdapat perbedaan karakteristik dari masing-masing tipologi. Perwakilan Provinsi Tipe A memiliki desain struktur organisasi memiliki 5 (lima) bidang dan 1 Sekretariat yang langsung bertanggung jawab kepada Kepala Perwakilan BKKBN Provinsi. Perwakilan Provinsi Tipe B memiliki desain struktur organisasi memiliki 3 (tiga) bidang dan 1 Sekretariat yang langsung bertanggung jawab kepada Kepala Perwakilan BKKBN Provinsi. DKI Jakarta tidak ada Kantor Perwakilan tetapi dalam kenyataannya Dinas P3APP DKI Jakarta menjalankan Fungsi Perwakilan BKKBN dalam mengurusi urusan pemerintahan bidang pengendalian penduduk dan KB, sementara provinsi Kaltara dilaksanakan oleh Koordinator dibawah Kantor Perwakilan BKKBN Kaltim.
Sedangkan posisi OPD Provinsi saat ini hanya 2 provinsi yang Dinas OPD pengendalian penduduk dan KB yang berdiri sendiri, yaitu provinsi Sumatera Utara dan provinsi Sulawesi Tengah sedangkan provinsi lain digabung dengan Dinas lain dan 1 provinsi Aceh tidak ada Dinas provinsi yang menangani urusan pemerintahan bidang dalduk KB seperti tabel 1. 
