Kelemahan:
- Informasi Wajib Pajak yang telah diberikan kepada otoritas pajak dapat digunakan untuk pemeriksaan jika Advance Pricing Agreement (APA) tidak dapat dilaksanakan
- Diperlukan petugas pajak yang kompeten, maupun peraturan formal atau panduan untuk menjalankan prosedur Advance Pricing Agreement (APA) secara efektif
- Biaya (sumber daya manusia dan biaya finansial) pelaksanaan dan prosedur Advance Pricing Agreement (APA) membutuhkan waktu yang lama
- Tidak ada jaminan pasti bahwa Advance Pricing Agreement (APA) akan menghasilkan kesepakatan antara Wajib Pajak dengan otoritas pajak
- Penetapan harga oleh negara pada saat terjadinya negosiasi bisa tidak sama dengan penetapan harga transfer dengan pihak independen
- Negosiasi dalam advance pricing agreement (APA) antara otoritas pajak dengan wajib pajak belum tentu sesuai dengan prinsip kewajaran (arm’s length principle)
Beberapa alasan yang mendasari munculnya Advance Pricing Agrement (APA):
- Terdapat kesulitan atau keraguan yang cukup besar dalam menentukan metode yang digunakan dalam penetapan prinsip kewajaran (arm’s length principle).
- Mencegah perselisihan mengenai transfer pricing.
- Ruang lingkup Advance Pricing Agreement (APA) lebih fleksibel.
- Undang-undang Advance Pricing Agreement (APA) tidak menyediakan untuk penentuan ada atau tidak adanya bentuk usaha tetap (BUT).
- DJP tidak memungut biaya apapun atas bisnis selama program Advance Pricing Agreement (APA)
Ketentuan pelaksanaan Advance Pricing Agreement (APA) di Indonesia diatur sejak  tahun 2010. Berikut Peraturan Perpajakan di Indonesia yang berkaitan dengan Kesepakatan Harga Transfer:
- Peraturan Direktorat Jenderal Pajak PER-69/PJ/2010 tentang Kesepakatan Harga Transfer (Advance Pricing Agreement)
- Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 7/PMK.03/2015 tentang Tata Cara Pembentukandan Pelaksanaan Kesepakatan Harga Transfer (Advance Pricing Agreement)
- Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 22/PMK.03/2020 tentang Tata Cara Pembentukandan Pelaksanaan Kesepakatan Harga Transfer (Advance Pricing Agreement)
- Pembicaraan awal (pre-filing stage)
Pada tahap pembicaraan awal Wajib Pajak dapat menjelaskan kasusnya kepada otoritas pajak terkait. Kemudian, otoritas pajak akan  menjelaskan tentang prosedur Advance Pricing Agreement (APA) dan syarat-syaratnya kepada Wajib Pajak tersebut. Pada tahap permulaan ini, Wajib Pajak akan diminta untuk memberikan informasi lengkap mengenai kasusnya, agar otoritas pajak dapat memperkirakan kemungkinan dijalankannya prosedur Advance Pricing Agreement (APA). Pembicaraan pada tahap permulaan ini dapat dilakukan lebih dari satu kali.
- Permohonan formal (filing stage)
Permohonan formal dilakukan oleh Wajib Pajak melalui permohonan tertulis dan diserahkan kepada otoritas pajak terkait. Permintaan informasi kepada Wajib Pajak dapat bersifat lebih luas jika permohonan dilakukan secara formal.
- Pembahasan dan negosiasi harga transfer (evaluation and negotiation stage)
Dalam tahap pembahasan ini otoritas pajak akan mengevaluasi permohonan Advance Pricing Agreement (APA) dan membahasnya dengan Wajib Pajak. Setelah terjadi kesepakatan antara Wajib Pajak dengan Otoritas Pajak maka naskah kesepakatan harga transfer (position paper) akan disusun. Jika Advance Pricing Agreement (APA) dilakukan secara multilateral, kedua otoritas pajak akan bertukar naskah kesepakatan harga transfer kemudian melakukan negosiasi (negotiation stage). Pada tahap negosiasi ini Wajib Pajak tidak dilibatkan tetapi Wajib Pajak dapat diundang secara informal untuk memberikan informasi tambahan.
- Perjanjian formal (formal mutual agreement stage)
Setelah terjadi kesepakatan antara kedua otoritas pajak maka perjanjian formal atas kesepakatan harga transfer dapat disusun. Ditempat terpisah otoritas pajak masing-masing negara yang terkait akan membuat perjanjian yang sama dengan Wajib Pajak.
- Pelaksanaan dan pemantauan (implementation and monitoring stage)
Transaksi afiliasi Wajib Pajak yang ditelah memenuhi syarat-syarat  sesuai dengan kesepakatan harga transfer yang telah dibuat dianggap telah memenuhi prinsip kewajaran dan kelaziman usaha (arm’s length priciple). Kemudian Wajib Pajak harus mempersiapkan laporan tahunan khusus (annual compliance  report) untuk mendokumentasikan seluruh transaksi afiliasinya telah sesuai dengan kesepakatan harga transfer.
=================================================================================================================
"Pada hakikatnya semua kesepakatan dibuat untuk menghasilkan sesuatu yang lebih baik tidak hanya dalam perpajakan tetapi dalam semua lini kehidupan ...."
"Semoga tulisan ini bermanfaat bagi penulis dan bagi seluruh pembaca"
Daftar Pustaka: