Tujuan utama usaha didirikan adalah yang mencari keuntungan sebesar-besarnya, akan tetapi di kala kondisi ekonomi seperti sekarang, dapat bertahan dan menghindari kebangkrutan usaha adalah suatu pencapaian bagi para pengusaha. Â Keadaan ini pun dapat tercermin pada Laporan Keuangan Perusahaan yang menunjukkan laba perusahaan yang menurun drastis, atau bahkan merugi. Keadaan rugi suatu perusahaan dapat menyebabkan Laporan Pajak yang tercermin dari SPT Tahunan PPh Badan menunjukan angka Lebih Bayar. Mengapa demikian? Hal ini bisa terjadi karena omzet yang menurun drastis dari tahun sebelumnya, namun setoran PPh Ps 25 masanya lebih besar dari PPh Badan Terhutang.
Oleh sebab itu, karena status Surat Pemberitahuan (SPT) PPh perusahaan menunjukkan Lebih Bayar, pada akhirnya menyebabkan Wajib Pajak harus melalui Pemeriksaan dari Kantor Pajak untuk dapat mendapatkan kembali Kelebihan Pembayaran Pajak tersebut. Namun, hati-hati sebelum mengklaim kelebihan pembayaran pajak, pastikan semua dokumentasi sehubungan dengan tahun yang diperiksa lengkap, pengakuan pendapatan dan beban sesuai dengan aturan perpajakan yang berlaku, jangan lupa, kompetensi dalam menghadapi proses pemeriksaan juga harus mumpuni.
Mengapa? Jangan sampai alih-alih WP ingin mengklaim lebih bayar, malah hasil pemeriksaan jadi kurang bayar, yang bisa jadi karena WP tidak dapat membuktikan keabsahan transaksi-transaksi yang terjadi karena masalah pada dokumentasi.
Pemeriksaan pajak sendiri, akan dimulai dengan diterbitkannya Surat Perintah Pemeriksaan oleh kantor pajak dan bersamaan dengan itu diterbitkan juga permintaan dokumen-dokumen yang dimiliki Wajib Pajak, dari data legalitas, data akuntansi, sampai dengan data-data perpajakan. Selain itu, terdapat juga Surat pemanggilan Wajib Pajak, untuk WP Badan diwakili oleh Wakilnya, umumnya Direksi untuk dimintai sejumlah keterangan seputar usaha WP oleh tim Pemeriksa.
Umumnya, proses permintaan keterangan dari Wajib Pajak dan/atau Wakilnya ini akan direkam dan didokumentasikan melalui Berita Acara Pemberian Keterangan. Di awal proses ini, Wajib Pajak dan/atau Wakilnya akan dijelaskan mengenai maksud dan tujuan Pemeriksaan Pajak, serta hak dan kewajiban Wajib Pajak selama proses pemeriksaan. Kemudian, umumnya tim Pemeriksa akan menanyakan proses bisnis perusahaan dab hal-hal yang berhubungan dengan Laporan Keuangan yang disampaikan oleh Wajib Pajak pada SPT Tahunan. Setelah selesai, Wajib Pajak dan/atau Wakilnya akan diminta menandatangani Berita Acara Kehadiran, Berita Acara Pemberian Keterangan, dan juga dokumentasi lain, misalnya Pakta Integritas Wajib Pajak.
Proses selanjutnya adalah melengkapi dokumen-dokumen yang diminta oleh tim Pemeriksa, dimana permintaan data pun dapat berkembang seiring dengan jalannya proses pemeriksaan. Tugas dari tim Pemeriksa adalah melakukan pemeriksaan atas menyeluruh terhadap kewajiban perpajakan yang telah dilaksanakan oleh Wajib Pajak sesuai lingkup dan tahun pajak yang sedang dilakukan pemeriksaan. Oleh sebab itu, tidak jarang dari dokumentasi yang telah diberikan, akan dilakukan diskusi antara Wajib Pajak dan tim Pemeriksa. Namun, yang harus diingat, setiap dokumen yang diberikan selama proses pemerikasaan, baik hardcopy maupun softcopy dibuatkan tanda terima peminjaman dokumen.
Seperti yang disampaikan pada paragraf diatas permintaan data pun dapat berkembang seiring dengan jalannya proses pemeriksaan. Misalnya, Tim Pemeriksa meminta Rekonsiliasi Omzet, biasanya Rekonsiliasi Omzet ini untuk membuktikan Penghasilan yang dilaporkan pada SPT PPh Badan, cocok dengan Omzet yang dilaporkan pada SPT Masa PPN serta Laporan Keuangan. Contoh lain juga adalah, Rekonsiliasi SPT PPh Ps 21 dengan Biaya Karyawan. Jika Wajib Pajak tidak dapat melakukan rekonsiliasi-rekonsiliasi yang diminta, bisa saja akan menimbulkan temuan Tim Pemeriksa.
Kemudian, setelah dilakukan pengujian oleh Tim Pemeriksa, Tim Pemeriksa wajib menerbitkan Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP) yang berisikan temuan Pemeriksa, koreksi perhitungan pajak dan sanksinya, dasar hukum koreksi, sampai dengan jumlah pajak yang seharusnya (baik menunjukkan kelebihan bayar pajak atau kekurangan bayar pajak atau nihil).
Atas SPHP yang sudah diterbitkan Wajib Pajak harus menanggapi SPHP tersebut dengan Tanggapan tertulis dalam waktu 7 (tujuh) hari kerja dan dapat diperpanjang ditambah 3(tiga) hari kerja dengan menyampaikan permohonan tertulis. Kemudian, Surat Tanggapan SPHP tersebut disampaikan melalui Kantor Pelayanan Pajak dan Wajib Pajak akan mendapatkan bukti tanda terima.
