Sumbangsih Kraton Yogyakarta bagi kemerdekaan sangat besar. Sehari setelah Soekarno-Hatta membacakan Proklamasi Kemerdekaan, pada tanggal 18 Agustus 1945, Sultan HB IX (ayahnya Sultan HB X) langsung memberikan selamat kepada Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Hatta.
Begitu pula dengan Sri Paduka Paku Alam VIII. Sebagaimana pasangan Soekarno-Hatta, maka Sri Sultan HB IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII, juga merupakan pasangan serasi.
Kesultanan merupakan salah satu bentuk pemerintahan bercorak Islam. Bentuk-bentuk pemerintahan seperti ini hampir sama dengan sebuah kerajaan dan banyak dijumpai di negara-negara Timur Tengah. Setelah Islam masuk ke Indonesia, kerajaan-kerajaan di Indonesia pun banyak mengambil alih corak seperti ini.
Di Pulau Jawa, khususnya Jawa Tengah, agama Islam telah tersebar luas sejak Abad XV dan XVI dengan berdirinya Kerajaan Demak sebagai kerajaan Islam pertama di Jawa Tengah dan sekaligus menjadi pusat penyebaran Islam.
Ketika kami memasuki Kraton Yogyakarta, nuansa Islam itu terasa. Kami memasuki Kraton yang sederhana. Berjalan dari ujung ke ujung, kita banyak merenung, mencoba memahami hal-hal yang tidak pernah ditulis.
Memang Kraton, Kerajaan dalam pemahaman orang kebanyakan adalah representasi dari sistem feodalistik peninggalan masa penjajahan.Tetapi sesungguhnya tata nilai yang dikembangkan, setidaknya mulai dari era Sri Sultan HB IX.
O. G. Roeder dalam buku "Soeharto dari Prajurit sampai Presiden" menulis:
"Sri Sultan Hamengkubuwono IX dari Yogya telah memberikan bantuan moril paling besar terhadap pejuang-pejuang kemerdekaan. Tanpa pikir panjang lagi Sri Sultan mengirim kawat ucapan selamat kepada Soekarno-Hatta, Presiden dan Wakil Presiden RI yang baru lahir."
Memang benar apa yang dikatakan Sultan HB X ketika diwawancarai televisi, ia mengatakan banyak kata "tidak tahu." Ini memang benar. Usaha telah dilakukan Sultan. Semua kembali kepada Allah SWT.