Di awal animasi, diperlihatkan adegan siswa sekolah pelatihan kejuruan yang dikomando oleh Kaneda, kemudian rekannya Tetsuo dan teman2 lainnya sedang ngebut2-an dengan motor di jalan raya. Kemudian tiba2 muncul seorang anak yang berpenampilan aneh di tengah jalan, sehingga membuat Tetsuo yang sedang mengendarai motor dengan kecepatan tinggi terkejut dan terjatuh.
Lalu datanglah tentara yang kemudian membawa anak yang berpenampilan aneh, juga Tetsuo, yang masih tak sadarkan diri setelah kecelakaan tersebut. Tentara sebenarnya sedang melakukan percobaan kemampuan supernatural terhadap beberapa orang yang berpenampilan aneh seperti anak kecil. Mereka ini dijadikan kelinci percobaan oleh tentara.
Tetsuo, walaupun sebelumnya adalah bukan siapa2, ikut dibawa oleh tentara untuk dijadikan kelinci percobaan juga. Namun ternyata di kemudian hari, Tetsuo bisa mempunyai kekuatan supernatural yang dahsyat. Kekuatannya kemudian bisa menyamai, bahkan melebihi kekuatan dari "Akira" yang merupakan unsur utama dari percobaan yang dilakukan oleh tentara.
Kaneda sebagai sahabat Tetsuo bersama dengan Kei yang digambarkan sebagai gadis anggota gerilyawan pemberontak, berusaha menyelamatkan Tetsuo yang ditawan di fasilitas tentara. Namun, Tetsuo berusaha menghindar dari Kaneda dengan menggunakan kekuatan supernaturalnya. Tetsuo dengan ambisinya sendiri, berusaha pergi ke tempat dimana Akira disimpan yaitu di fasilitas bawah tanah yang berlokasi di bawah area yang akan digunakan untuk Olimpiade.Â
Baik Kaneda dan rekan2nya berusaha untuk mencegah keinginan Tetsuo tersebut. Namun Tetsuo berhasil masuk ke tempat fasilitas itu dan "membebaskan" Akira. Disini terungkap bahwa ternyata Akira hanya berwujud jaringan otak yang tersimpan di dalam larutan pengawet.Â
Tentara yang berusaha menyerang Tetsuo, lumpuh dan tidak berdaya melawan kekuatan supernatural Tetsuo. Dengan kekuatannya itu, tubuh Tetsuo berangsur menjadi besar dan wujud fisiknya pun berubah menjadi menakutkan. Namun akhirnya, beberapa orang yang mempunyai kekuatan supernatural dan selama ini menjadi kelinci percobaan tentara, ikut membantu Kaneda. Mereka kemudian bersama-sama berhasil mengalahkan, lalu menyingkirkan Tetsuo ke dimensi lain.
Konten yang melampaui dimensi Animasi
Seperti kebanyakan animasi Jepang yang kontennya agak "sulit" untuk dicerna, berlaku juga di animasi ini.Â
Kita bisa melihat bahwa selain unsur fiksi sains, ada juga beberapa unsur lain misalnya tentang pergolakan politik, yaitu tentang pembontakan yang terjadi terhadap pemerintah. Aspek keagamaan juga disinggung di alur cerita. Lukisan tentang drama tragis kemanusiaan juga bisa kita rasakan disini.
Kemudian, semua unsur tersebut dipadu dengan energi anak muda yang meluap. Hal ini adalah seiring dengan energi yang dipancarkan oleh New Tokyo, yang sedang mencoba bangkit dari kehancuran akibat PD3. Karena ada unsur anak mudanya, maka kita juga bisa menikmati bumbu romantisme dan cinta didalamnya.
Seluruh unsur itu, dengan kelihaian dan ketrampilan sang pembuat cerita serta sutradara, saling bertautan dengan luwes bak samurai yang dengan lihai memainkan katana (pedang) nya. Dinamika dari alur cerita nampak rapi tersusun, walaupun di beberapa adegan, penonton bisa merasakan seperti "tertusuk" katana sang sutradara, dengan kejutan2 kecil.
