Tercatat dia telah menjalani hukuman 7 tahun 6 bulan, ditambah remisi 4 tahun 6 bulan, atau dua pertiga lebih dari masa hukuman 18 tahun. Antasari harus menjalani hukuman itu sesuai perintah pengadilan. Meski tetap mengaku tak bersalah. Dengan diberikannya grasi oleh presiden, yang suratnya telah dikirim ke Mahkamah Agung sejak Senin lalu, Antasari kini murni bebas.
Pakar hukum tata negara Prof Dr Yusril Ihza Mahendra menilai sudah seharusnya Antasari mendapatkan grasi itu. Tetapi grasi itu seharusnya "grasi demi hukum" bukan grasi biasa karena permohonan Antasari. Dia meyakini Antasari tidak bersalah dalam kasus itu. Grasi demi hukum menurut Yusril adalah tindakan yang dapat ditempuh Presiden untuk membebaskan seseorang dari hukuman karena adanya ketidakadilan dalam proses peradilan. (kompas.com, 25/1/2016)
Keyakinan bahwa Antasari tidak bersalah dalam kasus pembunuhan Nasrudin Zulkarnaen itu bukan hanya diutarakan Yusril. Beberapa pihak, termasuk ahli forensik almarhum Mun'im Idris yang dihadirkan di persidangan juga menemukan bukti adanya kejanggalan, misalnya jumlah peluru dua di tubuh korban tapi di persidangan jadi tiga. Juga ada permintaan dari penyidik agar catatan tentang diameter peluru dihapus. Sementata kondisi mayat saat datang yang sudah dimanipulasi, tidak terjaga keasliannya.
Tim kuasa hukum Antasari juga menemukan 10 kejanggalan dalam kasus itu (dikutip dari fokus.news.viva.co.id, 25/4/2011) diantaranya: Pertama, terkait penyitaan anak peluru dan celana jeans, almarhum Nasrudin Zulkarnaen, tanpa menyita baju korban. Dan pemeriksaan forensik hanya terhadap anak peluru, tetapi tidak ada pemeriksaan terhadap mobil korban.
Kedua, terkait luka tembak. Berdasarkan visum, “...peluru pertama masuk dari arah belakang sisi kepala sebelah kiri dan peluru yang kedua masuk dari arah depan sisi kepala sebelah kiri diameter kedua anak peluru tersebut 9 (sembilan ) milimeter dengan ulir ke kanan”.
"Hal ini menjadi ganjil kalau dihubungkan dengan fakta bahwa bekas peluru ada pada kaca segitiga mobil almarhum yang hampir sejajar dan tidak ada bekas peluru yang dari belakang. Dalam kesaksian Suparmin, almarhum roboh ke kanan," jelasnya.
Ketiga, terkait bukti SMS, yaitu tidak jelasnya kepentingan dan hubungan saksi Jeffry Lumempouw dan Etza Imelda Fitri dalam bersaksi mengenai SMS ancaman kepada almarhum Nasrudin Zulkarnaen, yang katanya tertulis nama Antasari.
Keterangan kedua saksi ini adalah rekaan dan pendapat hasil pemikiran. Ada 2005 SMS ke HP almarhum Nasrudin Zulkarnaen yang tidak jelas pengirimnya. Dan ada 35 SMS ke HP AA yang tidak jelas sumbernya, ada 1 (satu) SMS yang dikirim dan diterima oleh HP Antasari Azhar dan 5 (lima) SMS yang diterima dan dikirim ke HP Sigid Haryo Wibisono.
Ahli IT Dr. Agung Harsoyo menduga pengiriman SMS ini dilakukan melalui web server. Agung juga mengatakan bahwa tidak ada SMS dari HP Antasari Azhar kepada Almarhum Nasrudin Zulkarnaen. Selain itu, chip HP almarhum Nasrudin Zulkarnaen, yang berisi SMS ancaman rusak tidak bisa dibuka.
Masih ada tujuh kejanggalan lain. Ada yang terkait barang bukti senjata api; kualifikasi para terpidana; pertimbangan majelis hakim; penyitaan barang bukti di ruang kerja Antasari Azhar yang tak terkait perkara dan tanpa pemberitahuan; penjagaan berlebihan terhadap Rani Yuliani saksi yang disebut terlibat cinta segi tiga penyebab pembunuhan Nasruddin; pemeriksaan tidak pada tempatnya, ada yang di luar Mapolda dan dianiaya, ada yang diperiksa di restoran dan hotel.
Kuasa hukum Antasari menilai cara yang paling mudah untuk membuka adanya “rekayasa” terhadap perkara Antasari Azhar ini, adalah dengan menguak pengirim SMS ancaman terhadap almarhum Nasrudin dan mencari pengirim sms serta penelepon ancaman dan cerita tidak benar terhadap keluarga Antasari Azhar. Tetapi itu tidak pernah dilakukan petugas.
