Implementasi penggunaan aplikasi dilakukan secara bertahap pada beberapa Pengusaha Kena Pajak (PKP). Seluruh PKP Indonesia yang terdaftar diwajibkan melakukan registrasi ulang untuk pemberlakuan faktur elektronik.
Kegiatan registrasi ulang ini diatur dalam PER-05/PJ/2012. Registrasi ulang tersebut bertujuan untuk meningkatkan pelayanan, penertiban administrasi dan pengawasan terhadap PKP.Â
Berdasarkan data DJP terdapat 870.000 PKP terdaftar di tahun 2011. PKP diberi kesempatan dalam batas waktu yang telah ditentukan untuk segara melakukan registrasi ulang, apabila dalam batas waktu yang ditentukan tersebut Dalam PKP tidak memenuhi persyaratan registrasi ulang maka status PKP akan  dicabut secara jabatan.
Faktur elektronik sendiri mulai diberlakukan sejak tanggal 1 Juli 2014, dan diberlakukan kepada 45 Pengusaha Kena Pajak. Di di lingkungan Kantor Wilayah DJP Wajib Pajak Besar, Jakarta Khusus, Jakarta, Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, DI Yogyakarta dan Bali diberlakukan kepada PKP yang terdaftar mulai tanggal 1 Juli 2015. Sedangkan secara nasional dimulai tanggal 1 Juli 2016.
Apa yang membuat elektronik faktur lebih baik dibanding faktur pajak biasa? Kelebihannya dibandingkan faktur pajak yang terdahulu yaitu: Tidak lagi perlu tanda tangan basah karena sudah digantikan dengan QR Code yang membuat transaksi lebih aman.Â
Tidak wajib untuk dicetak dan bisa dikirimkan ke pembeli dalam bentuk Soft file PDF. Pembuat faktur pajak adalah PKP yang ditetapkan oleh DJP dan sudah mendapatkan izin untuk menerbitkan faktur pajak.Â
Faktur pajak harus mendapat persetujuan atau divalidasi terlebih dahulu oleh DJP dengan cara diunggah terlebih dahulu ke dalam Aplikasinya barulah dapat dikirimkan kepada pembeli. Hanya satu jenis mata uang saja yang digunakan yaitu rupiah.Â
Pembuatan laporan atau SPT PPN lebih mudah karena faktur pajak masukan maupun keluaran sudah terupload dan tercatat datanya saat penerbitannya.
Faktur Elektronik lebih aman dibandingkan dengan faktur pajak biasa. Mengapa? Karena tidak semua PKP dapat menerbitkan faktur pajak. Siapa sajakah yang bisa menggunakan sebagai bukti penyerahan BKP atau JKP? Berikut penjelasannya: Pengguna/ penerbit yaitu PKP yang telah dikukuhkan dan sudah memiliki Akun. Â
Akun PKP tersebut merupakan akun yang diotorisasi khusus oleh DJP diberikan kepada PKP tertentu yang memenuhi prasyarat. Otorisasi yang diberikan oleh DJP dalam bentuk kode aktivasi tersebut nantinya dikirimkan melalui jasa pengiriman ke alamat yang terdaftar serta password akan dikirimkan melalui email PKP yang sudah didaftarkan sebelumnya.Â
PKP yang sudah memiliki sertifikat elektronik. Setelah akun PKP terdaftar dan valid, PKP mendapatkan sertifikat elektronik. Sertifikat elektronik tersebut nantinya akan digunakan untuk memperoleh layanan perpajakan secara elektronik seperti meminta Nomor Seri Faktur Pajak melalui Elektronik Nomor Seri Faktur Pajak. Dengan E-Nofa PKP tidak lagi perlu ke kantor pajak untuk meminta nomor seri faktur.