Kiprah Messi berlanjut hingga tembus ke dalam skuad Argentina di Piala Dunia 2006. Messi hanya duduk di bangku cadangan saat Argentina memulai Piala Dunia 2006 melawan Pantai Gading.
Messi baru mendapatkan kesempatan main sebagai pengganti Maxi Rodriguez di pertandingan kedua Argentina di Piala Dunia 2006 kontra Serbia Montenegro.
Penampilan fenomenal langsung diperlihatkan oleh Messi. Dia memberikan assist kepada Hernan Crespo yang mencetak gol keempat Argentina.Â
Messi kemudian mencetak gol terakhir Argentina yang membuat timnya unggul 6-0 atas Serbia Montenegro.
Di pertandingan berikutnya Messi dipercaya main sejak menit pertama, namun gagal buat gol. Argentina seri 0-0 dengan Belanda.
Jose Pekerman baru memainkan Messi jelang akhir babak kedua pada babak 16 besar Piala Dunia 2006. Argentina berhasil menang susah payah 2-1 atas Meksiko lewat babak tambahan waktu.
Di perempat final, Messi hanya duduk di bangku cadangan. Argentina kalah adu penalti lawan Jerman.Â
Keputusan Pekerman tidak memberikan Messi kesempatan main lebih banyak di Piala Dunia 2006 mengundang kritikan keras oleh publik Argentina.
Di Piala Dunia 2006 itu, Messi sempat main bareng dengan Lionel Scaloni, Pablo Aimar, dan Roberto Ayala. Trio yang kini menjadi pelatih dan asisten pelatih timnas Argentina.
