Pengembangan dengan model sistem pendidikan apapun oleh pesantren tidak mengubah ciri pokoknya sebagai lembaga pendidikan dalam arti luas. Dan ciri khas tersebut yang menjadikan pesantren tetap dibutuhkan oleh masyarakat.
2. Lembaga keilmuan
Pola pengajaran atau pendidikan yang khas membuka peluang bagi pesantren untuk menghadirkan diri juga sebagai lembaga keilmuan. Karena kitab-kitab yang dihasilkan oleh para guru pesantren Dapat pula dipakai oleh pesantren lainnya sebagai ilmu universal.
3. Lembaga Pelatihan
Sebenarnya di dalam pesantren juga telah diterapkan manajemen oleh para santri. Karena sejak pelatihan awal yang dilakukan para santri adalah bagaimana mengelola kebutuhan diri sendiri; mulai makan, minum, mandi, pengelolaan barang-barang pribadi, hingga merancang jadwal belajar dan mengatur hal-hal yang berpengaruh kepada pembelajarannya, seperti jadwal kunjungan orang tua atau pulang menjenguk keluarga.
4. Lembaga Keagamaan
Tidak jarang pula pesantren ditempatkan sebagai bagian dari lembaga bimbingan keagamaan oleh masyarakat pendukungnya. Setidaknya pesantren menjadi tempat bertanya masyarakat dalam hal keagamaan.
Bahkan pemerintah melalui Menteri Agama RI telah mengeluarkan peraturan nomor 3 tahun 1979, yang mengklasifikasikan pondok pesantren sebagai berikut:
1. Pondok Pesantren tipe A, yaitu dimana para santri belajar dan bertempat tinggal di Asrama lingkungan pondok pesantren dengan pengajaran yang berlangsung secara tradisional (sistem wetonan atau sorogan).
2. Pondok Pesantren tipe B, yaitu yang menyelenggarakan pengajaran secara klasikal dan pengajaran oleh kyai bersifat aplikasi, diberikan pada waktu-waktu tertentu. Santri tinggal di asrama lingkungan pondok pesantren.
3. Pondok Pesantren tipe C, yaitu pondok pesantren hanya merupakan asrama sedangkan para santrinya belajar di luar (di madrasah atau sekolah umum lainnya), kyai hanya mengawas dan sebagai pembina para santri tersebut.
