Untuk keberlanjutannya pihak Dinas Pendidikan Kota/Kabupaten dan Propinsi diminta melaksanakan operasional dan pemeliharaan program DAPODIK dengan biaya swadana atau mandiri sesuai kebijakan dan kemampuan masing-masing.
Fenomena ini sangatlah menarik  karena boleh dikatakan baru kali ini dilingkungan departemen pemerintahan ada suatu program kegiatan yang tidak dibiayai lagi oleh pusat yang diserahkan ke daerah namun masih terjaga integrasinya dengan konsisten dan berkembang dengan baik selama 3 tahun terakhir !
Memang pada awal pembangungan DAPODIK selama 2 (dua) tahun (2006/2007) menghabiskan anggaran sekitar 40M.
Dana sebesar itu digunakan untuk blockgrant biaya bantuan pemutihan pendataan awal siswa di seluruh Indonesia, koordinasi dan pelatihan para operator dinas pendidikan di seluruh Indonesia. Sekitar 10% nya untuk biaya perangkat data center pusat dan sistemnya.
Sistem perangkat lunak DAPODIK secara tidak sengaja boleh dikatakan mengadopsi model Software As A Service (SaaS) yaitu istilah layanan online yang sedang naik daun di dunia Teknologi Informasi dunia saat ini.
Software aplikasinya berbasis Web dibangun terpusat memanfaatkan Open Sources (Linux, PHP dan MySQL) yang terpasang pada data center berbasis teknologi komputasi awan (Cloud Computing).
Dengan penerapan model SaaS dan teknologi Cloud Computing tersebut, sistem DAPODIK terbukti kehandalannya dan terjaga kinerja kecepatannya aksesnya untuk melayani 22.800 operator aktif se Indonesia hingga saat ini (dengan pertumbuhan rata-rata 30 operator baru setiap hari).
Pihak sekolah dan dinas pendidikan tidak perlu lagi ber-investasi perangkat server dan aplikasinya, semuanya telah tersedia secara terpusat. Mereka hanya perlu saluran koneksi ke data center DAPODIK pusat melalui jaringan internet biasa atau Jardiknas.
Oleh karena itu meskipun dibiayai secara swadana/mandiri operasionalnya oleh dinas pendidikan dan sekolah-sekolah sejak tahun 2008 lalu keberadaan sistem DAPODIK masih aktif digunakan oleh mereka hingga saat ini.
Fakta ini membuktikan bahwa ketersediaan sistem yang memenuhi kebutuhan masyarakat (sekolah dan dinas pendidikan), handal, konsisten, terjaga integrasinya, dan  mudah diakses  setiap waktu meskipun tidak dibiayai oleh pusat  terbukti bisa berjalan aktif dan berkesinambungan.
Pelan namun menyakinkan DAPODIK yang awalnya merupakan program yang operasionalnya dibiayai dari pusat, kemudian tidak dibiayai lagi sejak tahun 2008 lalu telah menjelma menjadi program milik komunitas pendidikan (sekolah dan dinas pendidikan) yang dengan konsisten dioperasionalkan secara mandiri oleh mereka.
