Penemuan beliau yang fenomenal adalah MFA, kepanjangan dari Microorganisme Fermentasi Alami. Yaitu sebuah pupuk fermentasi dengan cara menggunakan air liur manusia. Uji coba penggunaan pupuk yang selalu gagal pada waktu itu membuat beliau terus mencari formula terbaik untuk pupuk herbalnya. Hingga akhirnya, teman beliau dari Belanda memberikan saran tentang bakteri yang ada di dalam diri manusia lewat air liur dan ketemulah konsep MFA ini, yang pada akhirnya beliau bisa sering diundang ke Belanda dan Jepang untuk presentasi penemuannya ini.
Beliau berpesan banyak hal kepada kami semua, di antaranya bahwa, "Ilmu itu dicari bukan karena tujuan harta. Tetapi, orang yang berilmu itu harganya mahal. Dia akan dicari oleh harta."
"Ketika kamu mendapatkan kesulitan pada saat mencari ilmu, maka disitulah kunci kesuksesan semakin dekat. Namun, ketika mencari ilmu kok tidak pernah kesulitan, justru harus waspada."
"Keberhasilan itu akan didapatkan dengan cara keuletan, disiplin yang tinggi dan fokus terhadap tujuan jangka panjang." Itulah pesan yang saya ingat dari beliau.
Ada pesan satu lagi yang tidak kalah penting, "Usahakan shalat di awal waktu, ketika adzan berkumandang, tinggalkan segala macam urusan duniawi, lari ke masjid, ambil air wudlu dan menunggu shalat berjama'ah." Beliau bercerita bahwa tadi sebenarnya beliau sudah tau tentang kehadiran kami semua, namun kami datang saat adzan ashar berkumandang, sehingga beliau tidak menemui kami terlebih dahulu, tetapi lansung bergegas ke masjid untuk melaksanakan shalat ashar terlebih dahulu.
"Saya tidak akan berlama-lama, silahkan habis ini kalian keliling pesantren untuk melihat-lihat", beliau mempersilahkan kami untuk foto bersama setelah beliau menutup acara sore ini dengan berdoa bersama. Kang Zainal Arifin yang menjadi lurah pondok dan CEO untuk perdagangan pesantren mengajak kami berkeliling. Kami berbaris terlebih dahulu di depan aula pesantren, kami dibagi beberapa kelompok. Saya ikut bersama Mas Anwar, Aljabar dan teman-teman dari gabungan beberapa kelompok selain kelompok Sultan Agung.
Tempat pertama yang kami kunjungi adalah melihat persawahan yang ditumbuhi berbagai macam sayuran. "Ini semuanya yang mengerjakan santri", kata Kang Zainal Arifin. "Di Pesantren ini santri dibagi 3 kategori, ada santri kalong, santri salaf dan santri kholaf". Santri kalong adalah masyarakat yang ikut ngaji di pondok. Santri kholaf adalah yang sekolah umum dan mondok. Sedang santri salaf, tidak sekolah umum, tetapi mondok. Nah, pertanian ini yang bekerja adalah santri salaf", lanjut penjelasan Kang Zainal.
Kami ditunjukkan lagi ke tempat selanjutnya, tanaman jeruk dengan cara Greenhouse, kami memasukinya, buahnya lebat, tidak ada hama, dibawah tanaman jeruk, ditumbuhi tanaman buah melon. Serasa di surga, buah tingal petik dan semuanya non kimia.Â
Saat kami diajak ke peternakan, mulai dari ayam, kambing, hingga sapi, ada sesuatu yang aneh, "Kok tidak bau ya kang?", saya bertanya ke Kang Zainal. "Iya, karena pakannya sudah ada ramuannya, sehingga kotorannya tidak bau", jawab beliau. Menarik sekali. Bahkan, dikandang sapi, kotorannya ada tempat khusus, dialirkan ke sebuah pipa yang akhirnya menjadi sebuah gas untuk masak makanannya para santri.
Kami sempatkan mampir di pemakaman keluarga pesantren. Saya bersama teman-teman membaca tahlil singkat dan mengirimkan hadiah fatihah kepada keluarga pesantren yang sudah meninggal. Menariknya, walaupun ini adalah pemakaman keluarga, di pagar  sekitar makam, masih dimanfaatkan untuk menanam berbagai macam buah dan sayur-sayuran.
Pemandangan menarik lainnya adalah tidak ada sejengkal tanah yang kami lewati, kecuali disitu ada tanaman sayur atau buah yang tumbuh, entah itu ditanam secara langsung di tanah ataupun memakai pot. "Masya Allah, luar biasa", hanya ini ucapan yang saya ulang ketika melewati area pesantren di bawah asuhan KH. Fuad Affandi ini. Ajaran beliau tentang pertanian bukan hanya diamalkan oleh santrinya saja, tapi masyarakat yang bermukin di kawasan pesantren.
